Как для любого другого полимера, конформационная подвижность нуклеиновых кислот реализуется благодаря
изменению углов вращения вокруг ковалентных связей. В составе двойной спирали эти вращательные движения ограничены крепкими стекинг-взаимодействиями и комплементарными водородными связями. Разрешены вращения вокруг различных связей приводят в конце концов к изменению взаимного ориентаций основ и пар оснований. Именно набором параметров, описывающих такие относительные ориентации, принято характеризовать конформации двойных спиралей.
В основе номенклатуры конформационных параметров двойных спиралей нуклеиновых кислот, принятой специальным совещанием EMBO (European Molecular Biology Organization), лежит стандартная локальная декартова система координат, которая ставится в соответствие каждой пары оснований (рис. 3.8): начало координат находится в геометрическом центре пара; плоскость X? Y совпадает с плоскостью пары, ось Y является параллельной по линии, соединяющей С1'-атомы, и направлена на цепь, который берется за первый; ось Z направлена на плоскость следующей (в направлении 5'-3 ' по первому цепи) пары оснований, направление оси X выбирается по правилам образования правой декартовой системы координат? желобок, на который она направлена, обозначается как? большой?. На самом деле, сроки? Большой / маленький желобок? не обязательно буквальное значение.
Для описания относительного положения двух соседних пар достаточно шесть параметров: три смещения следующей пары относительно предыдущей по трем осям (любой сдвиг можно разложить на три компонента) и три угла вращения второй пары относительно первой вокруг трех осей (рис. 3.9):
• шифт (shift) характеризует сдвиг в направлении одного из желобков.
• Слайд (slide)? сдвиг в направлении сахарофостфатного остова.
• Райз (rise)? расстояние между парами оснований вдоль оси Z.
• угол рола (roll) характеризует локальный изгиб двойной спирали в направлении одного из желобков.
• Угол тилта (tilt)? изгиб в направлении сахарофостфатного остова.
• Твист (twist) является углом вращения вокруг оси Z, который характеризует степень спирального закрутки (для правой спирали принято использовать положительные значения Твиста).