Структура В-формы ДНК не является абсолютно регулярным. Конформационные особенности и особенности стекингу
в различных контактах между парами оснований приводят к существенной зависимости локальной конформации двойной спирали от последовательности? можно сказать, что последовательность несет информацию о структурных особенностях ДНК (подобно тому, как аминокислотная последовательность приводит пространственную структуру белка). Твист в комплексах очень близко к значению Твиста свободной ДНК в растворе при физиологических условиях? среднее значение для всех контактов соответствует 10,1 парам оснований на виток спирали в кристаллах и 10,5 парам оснований в комплексах с белком. Как видно из таблицы, твист варьирует в довольно широких пределах? степень локальной спиральной закрутки ДНК существенно меняется в зависимости от последовательности пар оснований.
Кроме того, варьируют также и стандартные отклонения от среднего значения Твиста. Последний параметр показывает, насколько легко значение Твиста может отклоняться от преимущественного среднего значения, т.е. характеризует конформационную подвижность контакта данного типа. Другие конформационные параметры двойной спирали (как средние значения, так и ширина распределения) также зависят от последовательности пар оснований.
Для примера на рис. 3.12 показано соотношение между роллом и слайдом (доступен сегмент конформационного пространства) для 10 контактов. Всего конформационная подвижность отрицательно коррелирует с эффективностью стекингу: она выше для пиримидин-пуриновых и АТ-обогащенных контактов.
При этом 6 конформационных параметров, приведенных на рис. 3.9, не являются независимыми друг от друга? их изменения являются заемный связанными. Итак, хотя конструкция молекулы ДНК является простой в белковую, на сегодня невозможно точно предсказать детали структуры ДНК, исходя из ее последовательности. Зависимые от последовательности особенности структуры двойной спирали потенциал по конформационных изменений? основа механизма специфического опознания последовательностей ДНК белками.
Загрузка...