Пре-мРНК, который синтезируется во время транскрипции, может подвергаться сплайсинга и полиаденилуванню
различными альтернативными путями: несколько экзонов в начале или середине гена могут вырезаться из транскрипта, последний может обрезаться и поддаваться полиаденилуванню за счет использования polyA-сигнала внутри одного из интронов подобное. В результате образуются различные молекулы мРНК, содержащих различные наборы экзонов и, соответственно, кодирующих различные белки. Многокомпонентную (и необходимость кооперации между компонентами) сплайсосомы и системы разрезка / полиаденилування позволяет осуществлять тонкую регуляцию образования мРНК типа за счет изменения транскрипционной активности генов, кодирующих те или иные компоненты машинерии процессинга, изменения концентраций компонентов, их химической модификации.
Ключевая роль в определении пути сплайсинга принадлежит белкам-регуляторам сплайсинга (SR). Довольно часто регулятор специфически связывается с определенной последовательностью нуклеотидов внутри экзона и стимулирует опознания сплайс-сайтов по обе стороны от него (рис. 7.11, а). Понятно, что в случае отсутствия регулятора такой экзон будет вырезан вместе с интронов, его фланкирующих. В случае отрицательной регуляции связывания регулятора затрудняет опознание сплайс-сайтов. Например, взаимодействие с регулятором инициируется внутри экзона, молекулы белка кооперативно связываются рядом друг с другом и наконец блокируют 3'-сплайс-сайт (рис. 7.11, б). Вместо заблокированного воспринимается следующий такой сайт, и экзон вырезается из молекулы вместе с двумя интроны, который фланкирующих. При наличии другого регулятора, который также узнает специфическую последовательность в экзоне, процесс роста белкового комплекса останавливается, и 3'-сплайс-сайт становится свободным для опознания элементами сплайсосомы (рис. 7.11, в).
Сплайсинг-регуляторы могут иметь сайты связывания в интроны, влияя на эффективность сбора сплайсосомы (рис. 7.11, г). Регулятор может блокировать, например, 3'-сплайс-сайт: если такая блокада отсутствует, сайт распознается (рис. 7.11, д), при наличии регулятора воспринимается другой 3'-сплайс-сайт внутри экзона? в составе мРНК остается сокращен экзон (рис. 7.11, е). Выбор пути образования конечного мРНК-продукта часто зависит также от альтернативного выбора polyA-сигналов, которые могут присутствовать не только ниже последнего экзона, но и внутри интронов.