Для эукариотических генов также весьма характерно явление транс-сплайсинга: объединение в составе мРНК экзонов различных генов.
Основой для транс-сплайсинга является то обстоятельство, что для многих генов существует не одна, а несколько альтернативных стартовых точек транскрипции в том числе такие, которые расположены достаточно далеко от гена и одновременно являются стартовыми точками других генов (рис. 7.14). В результате транскрипция иногда осуществляется через несколько генов (такая ситуация несколько напоминает прокариотических оперона, раздел 5), и сплайсинг происходит на уровне таких? Объединенных? первичных транскриптов. Кроме того, описаны также случаи транс-сплайсинга между пре-мРНК, которые являются продуктами различных единиц транскрипции, иногда такими, расположенные на разных хромосомах. В этом случае на 5-и 3'-концах двух пре-мРНК содержится бы? Расторгнут? интрон? объединение двух концов в сплайсосоми приводит к удалению этого интрона и сшивания конечных экзонов. Лучше всего это явление изучено для нематод, но, вероятно, оно является достаточно распространенным для эукариот вообще.