Структуру основной части ДНК-полимеразы и так называемый фраг-мент Кленова (Hans Klenow) показано на рис. 9.5
(дополнительный домен полимеразы отвечает за 5-екзонуклеазну активность). Подобную структуру имеют большинство других про-и эукариотических ДНК-полимераз. Полимеразная активный центр расположен в пределах ладони (palm)? щели, которая окружена двумя характерными структурными доменами: подвижными пальцами (fingers) и большим пальцем (thumb). Большой палец взаимодействует с маленьким желобком двойной спирали, образованной матричным цепью и таким, который синтезируется. Пальцы взаимодействуют с матричным цепью, который при этом немного изгибается вокруг пальцев, экспонируя очередную азотистую основу для взаимодействия с NTP. Сайт порт ния NTP образуется пальцами, остатками активного центра, нуклеотидом матричного цепи и 3'-концом цепи синтезируется.
Подвижность пальцев позволяет им существовать в двух конформациях:
• Открытая предполагает движение полимеразы вдоль ДНК и быстрый перебор NTP.
• Закрытая, когда пальцы перемещаются в направлении большого пальца, жестко фиксируя NTP в активном центре и обеспечивая катализ полимеразной реакции. Полимеразная реакция (рис. 9.6) предполагает, что ДНК-полимераза должна расположить 3'-конечную ОН-группу растущего цепи в активном центре, связать NTP, при условии его комплементарности в нуклеотида матричного цепи осуществить катализ синтеза фосфодиэфирных связи с одновременным отщеплением пирофосфата.