Опознание комплементарной пары оснований активным центром ДНК-полимеразы перед осуществлением катализа
полимеразной реакции обеспечивает частоту ошибочного включения нуклеотидов на уровне ~ 10 5. Таутомерия азотистых оснований, см. Рис. 5.11). Поскольку ДНК синтезируется? Раз и навсегда? перед ее передачей потомкам, такой уровень ошибок не может считаться удовлетворительным.
ДНК-полимеразы реализуют эффективный механизм редактирования, используя свой 3'-екзонуклеазний активный центр Два каталитические центры, расположенные на расстоянии до 30 ?, конкурируют за 3'-конец цепи синтезируется. Если в результате присоединения ложного нуклеотида образовалась некомплементарны (нестабильная) пара основ, ее родство с полимеразной центра снижается, и 3'-конец перемещается в екзонуклеазного центра. Двойная спираль ДНК при этом прокручивается вокруг своей оси, сохраняя взаимодействия маленького желобка с большим пальцем, а ДНК-полимераза остается в открытой конформации. Ложный нуклеотид отщепляется, вследствие чего восстанавливается стабильность конечной пары оснований. За счет более высокой родства стабильной пары к полимеразной центра, 3'-конец возвращается туда, и ДНК-полимераза осуществляет новую попытку его продления.