Несмотря на высокую сходство базовых механизмов работы двух типов полимераз, осуществляющих синтез
нуклеиновых кислот, существуют принципиальные различия между ними. Главная особенность заключается в том, что для ДНК-полимеразы ДНК является одновременно и матрицей, и продуктом реакции, и это создает существенные проблемы.
Поскольку при синтезе РНК в активном центре РНК-полимеразы временно существует гибридная двойная спираль ДНК-РНК (см. разделы 5, 6), РНК-полимераза может легко дискриминировать гибрид от обычной двойной спирали ДНК. Высокое сродство окружения активного центра РНК-полимеразы к гибрида и канала выхода транскрипта в РНК обеспечивает высокую процесивнисть фермента? способность работать без диссоциации после однократного акта инициации транскрипции. ДНК-полимераза имеет двойную спираль ДНК как в окружении своего активного центра, так и везде вне полимеразной комплексом. Соответственно, существует высокая вероятность ее диссоциации: процесивнисть ДНК-полимеразы является очень низкой? она может синтезировать к диссоциации лишь участок длиной 10? 20 нуклеотидов. Итак, должен существовать определенный дополнительный механизм повышения процесивности.
Высокое сродство РНК-полимеразы к гибрида ДНК-РНК позволяет легко разрушать двойную спираль ДНК по ходу движения полимеразы при элонгации транскрипции? транскрипт просто вытесняет нематричний цепь ДНК из дуплекса. Для ДНК-полимеразы такой механизм невозможно: дуплексы ДНК в комплексе с полимеразой и впереди нее ничем не отличаются друг от друга, т.е. ДНК-полимераза требует наличия одноцепочечной матричной ДНК, которая должна быть изъята из двойной спирали.
Третья проблема заключается в том, что ДНК-полимераза способна делать только одну операцию? продолжать (редактируя) 3'-конец цепи ДНК, она может инициировать синтез, создать первый фосфодиэфирных связь. Это означает, что определенная короткий участок должен быть создан как-то иначе, чтобы дальше ДНК-полимераза могла продолжать ее синтез. Такой участок, без которой невозможна работа ДНК-полимеразы, называют праймером (primer). На самом деле, кор-фермент РНК-полимеразы