Большинство зоологов считает, что предшественниками хордовых были целомические червеобразные животные, которые перешли к малоподвижного или сидячего образа жизни, вследствие чего уменьшилось количество
сегментов и образовался вторичный рот. Питались они пассивно, фильтруя воду. Эти жители морского дна, эволюционируя, дали начало четырем типам животных: иглокожие, погонофор, полухордовых и хордовых. Впервые представителя полухордовых баланоглоса было обнаружено в Тихом океане в 1821 p., А его личинку - в 1850 г. полухордовых изучали 1.1. Мечников, А.А. Ковалевский и др..
К типуНапивхордови (Hemichordata) принадлежит класс Кишководихаючи (Enteropne-u st а), представителем которых является баланоглос (род Balanoglossus) (рис. 157). Он червеобразное тело и состоит из трех отделов: хоботка, воротничка и туловища. Хоботок внутри имеет соединенную с внешней средой полость, которая может заполняться водой, предоставляя ему упругость. С помощью хоботка прокладываются норки в морском дне. Внутри хоботка есть небольшой полый упругий вырост глотки - нотохорд, образованный вакуализованимы клетками и тяжами соединительной ткани. С ним связаны также мышцы, идущие к хвостовой части тела. Считают, что нотохорд является зачатком хорды. Стенки глотки в баланоглоса пронизаны многочисленными жаберными щелями, на дне глотки у некоторых видов имеются утолщения, которое рассматривают как зачаток эндостиль. В передней части спинного нервного тяжа имеется полость, похожая на невроцель хордовых. Таким образом, по ряду признаков (наличие жаберных щелей в глотке, зачаток хорды, невроцель) полухордовые подобные хордовых. В то же время они имеют признаки, которые присущи беспозвоночным животным: шкирномьязовий мешок, спинной и брюшной нервные тяжи, хоботок, напоминающий ам-булакральну систему иглокожих, их личинка подобная личинки последних подобное. Поэтому полухордовых выделяют в самостоятельный тип, но считают, что предки полухордовых и хордовых были близкими. Гарстанг (1928), их предки, близкие к кишководихаючих, перешли к сидячему образу жизни, а их подвижная форетична (гр. phoreo - «выношу») личинка способствовала расселению и при гибели взрослых могла обрести способность к неотении - размножение в личиночной стадии. Так мог возникнуть подвижный предок хордовых, подобный личинок современных личинкохордових, имеющих хорду и нервную систему в виде трубки. Однако у этих личинок хорда есть только в хвосте, и они не питаются.
Поэтому более вероятной является другая гипотеза, авторы которой - А.Н. Се-верцов, Н.А. Ливанов. Они считают, что хордовые произошли от червеобразных ползающих или роющих предков, подобных современных кишководихаючих (тип полухордовые), у которых развилась хорда, а в горле возник эндостиль - орган, который выделяет слизь, которая склеивает пищу при фильтрации воды и обеспечивает ее улавливания. Так возникли животные подтипа бесчерепные. Большинство из них ведет придонный образ жизни, зарываясь в грунт (песок), и характеризуются пассивным питанием. В то же время они достаточно подвижными животными, что позволяет им избегать врагов, находить новые места обитания.
На родственные связи полухордовых и бесчерепных указывают также Бэтсон, В.М. Шимкевич.
Другие примитивные хордовые на ранних этапах эволюции перешли к сидячему образу жизни. У них развилась туника (защита от врагов), а фильтровальный аппарат в глотке обеспечил добывания пищи при неподвижном образе жизни. Так возникли животные подтипа Личинковохордови. строение во взрослом состоянии упростилась (исчезла хорда и нервная трубка, редуцировались органы чувств). А подвижная личинка имеет и хорду, и нервную трубку.
И, наконец, считают, что позвоночные животные произошли от примитивных бесчерепных, от которых они отделились в ордовикского периода, то есть 500 млн. лет назад. Остатки примитивных бесчелюстных позвоночных известны с отложений нижнего силура - 450 млн. лет назад. Встречаются они в отложениях животных, заселявших пресные водоемы. Итак, можно предположить, что низшие позвоночные проникли в пресные водоемы, где они эволюционировали, поскольку здесь у них не было таких врагов и конкурентов, как головоногие моллюски и ракоскорпионы, населявших моря. В то же время проникновение в реки требовало усиления гибкости скелета, развития мышечной, нервной, кровеносной и выделительной систем, совершенствования органов чувств.
В ордовике - силуре от бесчелюстных видособилася группа щелепноротих позвоночных животных, к которым относятся и рыбы.