Морской транспорт, занимающий четвертое место в структуре грузооборота, концентрируется исключительно на юге страны — в Азовско-Черноморском бассейне, который через проливы Босфор и Дарданеллы связан со Средиземноморьем, а затем — с Мировым океаном.
Морской бизнес Украины базируется вокруг 18 государственных морских портов, расположенных в трех регионах: Придунайском, Черноморском и Азовском. Они обеспечивают грузовые операции с сухими и наливными грузами, а также обслуживание пассажиров во внутреннем и зарубежном сообщении. Суммарный грузооборот морских портов Украины за 2000 г. составил 80 млн т, в том числе сухих грузов перевезено более 56 млн т и наливных — более 24 млн т. Рост грузооборота ожидается благодаря увеличению перевозок сухих грузов: минеральных удобрений, зерновых, штучных грузов.
Существенную конкуренцию украинским портам составляют порты России, Румынии, Болгарии и Турции.
Морская столица Украины — Одесса, грузооборот которой вместе с Ильичевском и портом Южный превышает 50 млн т. Все эти три порта образуют мощный Одесский портовый комплекс. В состав Черноморского пароходства входят также морские порты Белгород-Днестровский, Николаев, Октябрьск, Очаков, Херсон, Скадовск, Евпатория, Севастополь, Ялта, Феодосия.
Азовскому морскому пароходству подчинены морские порты Мариуполь (здесь размещено его управление), Бердянск, Керчь.
В состав Украинского Дунайского морского пароходства (управление в г. Измаил) входят морские порты Рени, Измаил, Усть-Дунайск, Килия.
Имеются две международные морские переправы: украинско-болгарская Одесса — Варна и украинско-российская Керчь — Тамапь.
Главными грузами являются нефть и нефтепродукты, железная руда, хлебные грузы, строительные материалы и т. п.