Особенности геологического строения страны определили наличие набора различных полезных ископаемых.
К настоящему времени выявлено более 400 месторождений. Среди наиболее важных можно назвать залежи полиметаллических руд, руд сурьмы, стронция, золота и серебра, ртути, вольфрама, молибдена.
В предгорных прогибах залегают горючие ископаемые. Запасы их здесь гораздо меньше, чем в Узбекистане и Туркменистане, могут быть сравнимы только с киргизскими. На территории Таджикистана известно 35 месторождений углей с общими геологическими запасами в 4 млрд т. Балансовые запасы составляют 338,5 млн т. Большинство месторождений имеет сложные условия залегания углей. Добычу их осуществляют на севере страны (месторождения Шураб, Фин Япгиб).
Незначительны и нефтегазовые месторождения. На баланс принято 28 скважин с потенциальными запасами в 158 млн т нефти и 875 млрд м3 газа. Освоенность составляет не более 10%. По газу выделяется месторождение Кызыл-Тумшук на юге страны, по нефти — Нефтеабад на севере. Есть еще несколько небольших бассейнов, которые входят в категорию перспективных.
Металлические ископаемые (полиметаллические руды, вольфрам, уран) в основном сосредоточены в северо-восточной части Таджикистана — в Кураминских горах (Карамазарский массив). Залежи полиметаллических руд выявлены были еще в 1930-х гг. Сейчас учтено 25 месторождений. Разведаны залежи сурьмы (Зеравшано-Гиссарский район), ртути (залежи ртути и месторождение ртути). В начале 1990-х гг. Таджикистан давал около 7% всей мировой добычи сурьмы. На руд других цветных металлов следует отметить нефелиновые сиениты и целестин. Есть месторождения долота и серебря. В Центральном Таджикистане разведаны месторождения олова (Мушистин).
Из неметаллических полезных ископаемых большое значение имеют флюорит (плавиковый шпат), поваренная соль (общие запасы около 3,6 млрд т, почти 3/4 всех запасов СНГ), поделочные камни, особенно лазурит.
В перспективе возможно увеличение использования минеральных вод — термальных, нарзанных, сероводородных, йодо-бромных, радоновых.