Особенности географического положения страны заключают в ее приморском положении на побережье Балтийского моря.
Эстонию считают самой морской из стран Балтии благодаря большому числу островов (более 4500), составляющих почти 1/10 часть ее территории. Самые большие среди них — Хийумаа и Сааремаа.
На западе берега страны омываются водами Балтийского моря, на юго-западе — Рижского залива, на севере — Финского. Особенно сильно изрезана береговая линия Западно-Эстонского архипелага. Морское пространство, ограниченное островами и побережьем материковой части Эстонии, называется Вяйнамери, т. е. «море проливов». Многочисленные проливы носят общее название Муху (Моонзунд). Длина всей береговой линии Эстонии вместе с островами достигает 3400 м. У берегов страны море неглубокое (в Финском заливе глубина до 130 м, в Рижском — 53 м). Только западное и северное побережья изобилуют глубокими бухтами и заливами — удобными гаванями для морских судов (Таллинский залив и др.). Таллинский залив покрывается льдом в среднем только на полтора месяца, ко ледоколы обеспечивают навигацию в течение круглого года. Нa востоке Эстония граничит с Россией, на юге — с Латвией. Государственная граница с Латвией проходит через г. Валка-Валга. Пограничными со стороны России являются Печорский, Пыталовский и Палкинский районы Псковской области.
После провозглашения независимости Эстонии в 1991 г. возник конфликт с Россией, связанный с установлением границы. Эстония настаивала на передаче ей Россией некоторых территорий Ленинградской области, а также Пыталовского и Палкинского районов Псковской области. Многолетние переговоры, консультации между странами привели к выработке соглашения об отсутствии у сторон территориальных претензий друг к другу и о непосредственном прохождении линии границы, которая полностью соответствует нынешней. В настоящее время согласованы, но еще не подписаны проекты договоров о российско-эстонской государственной границе и разграничении морских пространств в Нарвском и Финском заливах. Не урегулирована проблема упрощенного режима перехода границы для жителей приграничных территорий в связи с введением визового режима.