В годы нахождения Эстонии в составе СССР в ней был создан мощный агропромышленный комплекс
, имевший четкую специализацию на производстве мясо-молочной продукции. На долю животноводства приходилось 70% производимой продукции. Около 35—40% мясо-молочной продукции вывозилось в другие республики Союза.
В настоящее время в сельском хозяйстве страны произошли существенные изменения. Прежде всего это касается собственности на землю. Эстония, будучи еще советской республикой, сделала попытку предоставления крестьянам частной собственности на землю. В настоящее время, согласно «Закону о реституции», землю можно продавать и покупать. В 1989 г. появились первые хутора, в 1990 г. их насчитывалось более 800. Процесс реорганизации крупных хозяйств, их роспуска особенно активно шел в середине 1990-х гг. Появилось более 10 тыс. хуторов, большое число мелких кооперативов, акционерных компаний. В процессе реформы были ликвидированы многие экспериментальные, учебные заведения, откормочные фермы. Средний размер земли одного хутора составил 24,8 га, в то время как конкурентоспособными хозяйствами являются те, которые имеют размеры не менее 50 га. Чрезмерное дробление земельного фонда, утрата крупных хозяйств стали одной из причин кризиса сельского хозяйства, н результате которого доля сельскохозяйственного производства в валовом продукте Эстонии сократилась с 19% в 1991 г. до 13% в 1992 г. и 4,4% в 1998 г.
Второй важной причиной падения сельскохозяйственного производства стал разрыв хозяйственных связей с бывшими республиками Союза. В советские годы высокие показатели сельскохозяйственною производства Эстонии обеспечивались за счет поставок из районов России и других союзных республик минеральных удобрений, техники, горючего, фуража. Важную роль играла система государственной поддержки в виде субсидий, дотаций.
Потеря традиционных рынков привела к существенному сокращению сбора сельскохозяйственных культур, поголовья скота и выпуска животноводческой продукции. Особенно сильное падение производства наблюдалось в 1990—1996 гг. Сокращении внесения минеральных удобрений, старение в хозяйствах техники привели к сокращению урожайности (к примеру» урожайность озимых в 1995 г. сократилась до 14,7 ц/га но сравнению с 21,6 ц/га в 1993 г.). Важной причиной сокращения сельскохозяйственного производства стало также снижение покупательной способности населения страны.
Однако производительность труда в аграрном секторе Эстонии остается более высокой, чем в других странах Балтии. Всего 7% ее населения, занятые в сельском хозяйстве, обеспечивают 6,4% ВВП (в Латвии соответственно 17,3 и 8,7%, в Литве — 24,5 и 8,5%).
Перспективы развития сельского хозяйства Эстонии, особенно животноводства, в значительной степени зависят от российского рынка. В настоящее время спрос на эстонские молочные продукты в России вновь повысился.