Железнодорожная сеть покрывает территорию страны более или менее равномерно
, но наиболее густа она на северо-западе. Основные связи с Россией осуществляются по магистралям, проходящим через города Нарва и Псков. Выход в Латвию идет через города Вал га и Икла.
Протяженность железных дорог Эстонии составляет 1000 км. Они связывают между собой промышленные города и почти нее районные центры страны. Особенность железных дорог Эстонии — большая протяженность узкоколейных дорог, на которые приходится почти половина длины всей железнодорожной сети. Они сосредоточены главным образом в юго-западпой части страны. На островах Сааремаа и Хииумаа железных дорог нет.
По железным дорогам осуществляют более 90% транзитных перевозок через территорию Эстонии. Наибольшую часть железнодорожного транзита составляют нефтепродукты (64%), зерно (13), металлы (6), удобрения (5%). 60% общего объема международных перевозок приходится на направление Восток — Запад.
В настоящее время началась реализация программы модернизации железнодорожной сети. Большое значение в стране придают реконструкции линии Таллин — Нарва — Санкт-Петербург. Это важный участок транзитного коридора Восток— Запад. После реконструкции его пропускная способность увеличится в два раза. Среди приоритетных направлений для реконструкции выделена также дорога Таллин — Тарту — Нарва — Псков.