Различия в температурах и степени увлажнения горных склонов находят прямое отражение в характере почвенно-растительного покрова гор
, в проявлении высотной поясности. В прошлом ковыльные и разнотравные степи располагались по склонам Алтая и по днищам межгорных котловин других гор Южной Сибири. Ныне плодородные черноземы степных котловин почти полностью распаханы и заняты посевами зерновых культур.
Горные таежные ландшафты занимают в общей сложности до 70% всей площади. Наиболее широко представлены лиственничные леса паркового типа и сосновые боры. На влажных западных склонах Алтая находятся елово-пихтовые леса с примесью кедра. В более сухих Саянах, в Прибайкалье и в Забайкалье господствуют сосново-лиственничные леса. Верхняя часть пояса лесов занята кедровым стлаником.
Выше верхней границы леса на наиболее высоких хребтах располагается высокогорный пояс, в пределах которого преобладают то субальпийские и альпийские луга (на Алтае и в Западном Саяне), то заросли субальпийских кустарников (а на востоке и кедрового стланика), то различные варианты нагорных тундр.
Альпийские луга гор Сибири известны яркостью красок пышного и богатого травостоя; они используются как пастбища для овец, лошадей и крупного рогатого скота. Пояс гор Южной Сибири — это обширнейшая горная страна, отличающаяся от остальной территории азиатской части России самой разнообразной природой, богатейшими ресурсами, но крайне неравномерно обжитая людьми. Рядом с промышленными районами и сельскохозяйственными угодьями межгорных котловин и горных склонов до сих пор находятся огромные территории практически неосвоенных залесенных гор.