Одним из главных признаков биологически активных веществ является их большая по сравнению с другими органическими соединениями, устойчивость к различным воздействиям (температура, давление, химические вещества и т.п.).
Стабильность структуры молекул обусловлена наличием в их составе нескольких функциональных центров (полифункциональность). Наличие в одной молекуле двух и более различных реакционных центров является характерным признаком углеводов, аминокислот, пуриновых, пиримидиновых оснований. Роль реакционных центров часто играют двойные связи. Стабильность молекул наблюдается при сопряженных химических связей как для незамкнутых, так и замкнутых цепей и растет с увеличением цепи со-ния. Например, длина системы сопряжения, а соответственно и устойчивость молекул в этом ряду веществ, возрастает от витамина А (пять сопряженных связей) в каротина (одиннадцать сопряженных связей). Сопряжения не только стабилизирует, но и изменяет свойства молекул. Так, пиррол имеет кислотные свойства, а пиридин - основные. Азотсодержащие гетероциклы представляют основу гемоглобина и хлорофилла (пиррол), входят в состав нуклеиновых кислот (пиримидин), аминокислот (триптофан, гистидин), важных витаминов и ферментов.
Гемоглобин, хлорофилл, витамин В и др.., В состав которых входит ароматическое порфинове кольцо, имеют повышенную стабильность, потому что в замкнутой системе сопряжения участвуют двадцать шесть электронов.
В основе химических превращений биологически активных соединений, содержащихся в организме, состоят химические реакции различных функциональных групп, а также преобразования, обусловленные их взаимным влиянием. Основой структуры природных углеводов - одного из основных источников энергии в нашем организме, являются реакции альдегидной группы с гидроксильной (образование полуацеталя). Реакция взаимодействия альдегидов с аммиаком или с замещенными аминами лежит в основе синтеза аминокислот из продуктов углеводного обмена. Аналогичный механизм взаимодействия ацеталь-дегид (продукт окисления этанола) с аминами организма (биогенные амины) является основой токсического действия этанола на организм человека. Взаимодействие альдегидов (Альдольная конденсация) лежит в основе получения полисахаридов в клетках растений и животных. Изучал эту реакцию известный русский химик А. М. Бутлеров.