Филогения простейших, как и их систематика, является предметом дискуссии среди ученых. Раньше считали, что первоначальной группой простейших были саркодовые, в частности, древние голые амебы.
В процессе дальнейшей эволюции от саркодовых возникли жгутиковые. Происхождение апикомплексних связано с джгутиковими. Подтверждением этому является наличие в их жизненном цикле жгутиковых стадии. Инфузории филогенетически также связанные с джгутиковими. На данном этапе эволюции органического мира инфузории находятся в состоянии биологического прогресса, они приспособились к жизни в различных средах и очень распространились в биосфере.
В последнее время на основании ультраструктурных исследований доказано, что растительные джгутиконосци чрезвычайно важна центральной группой в эволюции. От различных форм растительных жгутиковых развились саркодовые, споровики и инфузории. Первые простейшие, которые дали начало современным растительным и животным жгутиковых, имели автотрофный способ питания и активно плавали (Л.M. Серавин, 1984).