К сожалению, проблемы, заложенные в религии исторически, создали новые и более актуальны. Для религиозных деятелей главными проблемами являются немалое количество в Украине верований и «неправильных» организаций. Уже давно
управления как Московского, так и Киевского патриархата высказываются за объединение православной церкви. Безусловно, каждая из этих конфессий видит объединение православных только под своим крылом, отвергая диалог с другой стороной.
Сложной проблемой в отношениях государства и церкви являются имущественные вопросы. Почти треть общин не имеют церквей и молитвенных, хотя существует довольно много бывших культовых сооружений, которые до сих используют не по назначению и не возвращают религиозным организациям. То же касается и предметов церковной утвари, которые попали в экспозиции музеев.
Еще одной актуальной проблемой можно назвать заполиты-зованисть церкви в Украине. Прецеденты активного участия церкви в политической жизни страны зафиксировано как на государственном уровне, так и на местном. Священнослужители отдельных приходов в 2004 г. позволяли себе не просто активно агитировать за определенного кандидата, но и организовывать для его поддержки крестные ходы и молебны.