Формирование сорных систем в разное геологическое время, перемежаемое с периодами денудации и последующими интенсивными тектоническими движениями
, привело к развитию современного сложного разновозрастного и многоярусного рельефа, что создало своеобразное сочетание полезных ископаемых. Отличительная черта залегания большинства ресурсов — сложные условия добычи (высокогорья, наклонные пласты, трудности транспортирования).
Главное богатство страны — ресурсы гидроэнергии. По ним Киргизия занимает третье место в СНГ (вслед за Россией и Таджикистаном). Реки имеют исключительно высокую концентрацию потенциальной мощности на 1 км русла. По удельной мощности р. Нарын с ее притоками превосходит Волгу и Ангару. Гидроэнергетический потенциал страны составляет 142,5 млрд кВт*ч и освоен лишь на 9%. Современный уровень техники позволяет использовать 72,9 млрд кВт«ч, однако экономически эффективно освоение только 48 млрд кВт • ч. Бассейн р. Нарын имеет потенциальные ресурсы 56,9 млрд кВт • ч; на этой реке и ее притоках можно построить 22 ГЭС с выработкой электроэнергии порядка 30 млрд кВт • ч.
Недра Киргизии богаты полезными ископаемыми магматического, метаморфического и осадочного происхождения. Наибольшее распространение получили горючие ископаемые. По балансовым запасам углей страна может соперничать с Узбекистаном (категории А В + С, — 1,3 млрд т). Основные месторождения приурочены к прифергалским районам, Алайской до липе, внутренним частям Киргизии (Нарынская и Ис-сык-Кульская области). Из 35 разведанных месторождений уголь добывают только в 7. Наиболее перспективен в настоящее время разрез Кара-Кече (Кабакскии бассейн) в Джумгальском районе Нарынской области. Но прогнозам, здесь залегает более 1 млрд т углей с хорошими пластами и возможностями открытой добычи. В ближайшие годы до этого месторождения планируется довести из г. Балыкчы (быв. г. Рыбачье) желейную дорогу. Предполагается, что в недалеком будущем Киргизия обеспечит себя собственным углем.
Нефтяные и газовые поля сосредоточены в Ферганском нефтегазоносном районе. В период независимости Киргизия уделяет много внимания геолого-разведочным работам по этим видам ресурсов, постоянно вовлекает в разработку новые скважины, в том числе и па периферии района (Ляйлякский район Баткенской обл.). В целом можно говорить о более значительных запасах нефти и газового конденсата, чем газа. Балансовые запасы жидких фракций оценивают в 20 млн т. По сравнению с другими странами региона это, конечно же, очень мало. Разведанные запасы составляют 99,43 млн т, из которых извлечено 10,6 млн т. Остаточные извлекаемые запасы составляют 12,1 млн т. Месторождения но извлекаемым запасам мелкие. Плохие коллекторские свойства и слабое пластовое давление являются основными причинами низкой нефтеотдачи — порядка 15%.
Из металлических полезных ископаемых значительны запасы цветных металлов. Ртуть и сурьма сосредоточены в Южно-Ферганском рудном поясе, протянувшемся от гор Нуратау в Узбекистане до восточных границ Киргизии. Киргизские месторождения — Хайдаркан, Кадамжаи (Кадам-Джай), Чаувай — имеют комплексное сурьмяно-ртутное сырье, считавшееся в СССР эталонным. Для промышленных разработок пригодны месторождения олова, выявленные на востоке Киргизии в начале 1980-х гг. (Сарыджазский оловянный район). Здесь в руде присутствует также вольфрам. В комплексных рудах содержится урановый компонент.
Золоторудные залежи известны в нескольких районах Среднего и Северного Тянь-Шаня (крупнейшие месторождения — Мак мал. К ум тор).