Топливная промышленность также ориентирована на удовлетворение собственных нужд.
Надо выделить ее угольную подотрасль. Добычу угля осуществляют шахтным способом в месторождении карьерным — в месторождениях Фан Яигоб и Назар Аилок. Угли камедные, хорошего качества, однако условия их добычи достаточно сложные. Например, Назар-Айлокский карьер располагается на высоте 3000 м над у. м. За 1990-е гг. добыча снизилась в 15 раз: с 300 тыс. т до 20 тыс. т. Потребность же страны в угле составляет около 1,5 млн т.
Среди нефтегазодобывающих стран СНГ Таджикистан находится на одном из последних мест. Объемы добычи постоянно снижаются. В 2000 г. было добыто около 20 тыс. т нефти, включая газовый конденсат (в 1991 г. — 100 тыс. т), и 40 млн мА газа (в 1991 г. — 100 млн м3).