Эстония не богато природными ресурсами. Из топливно-энергетических нужно отметить месторождения горючих сланцев
, расположенные на северо-востоке страны, между городами Нарва и Раквере. Общие запасы сланцев составляют 3,7 млн т.
Горючие сланцы, или кукерситы, представляют собой мягкую, сравнительно легкую породу, которая в измельченных кусках быстро загорается, выделяя много дыма со специфическим запахом. Калорийность сланца в три раза меньше по сравнению с каменным углем, а отходы от сжигания составляют 50%. Перевозка сланца на расстояние более 100 км нерентабельна.
Затраты на добычу сланца растут, что связано с увеличением глубины залегания сланцевого слоя, снижением теплотворной способности сланцев, необходимостью инвестиций для поддержания технических и транспортных средств на должном уровне, удорожанием взрывных работ и ростом налогов на ресурсы и охрану окружающей среды.
По запасам торфа Эстония уступает на постсоветском пространстве лишь России, Белоруссии, Украине. Однако торф в настоящее время мало используют в качестве топлива крупных электростанций. Он находит применение в коммунально-жилищном и в сельском хозяйстве.
Вдоль северного побережья, в районе глинта, распространены месторождения фосфоритов (Маарду).
Значительны запасы минерально-строительного сырья — известняка, глин, кварцевых песков. Доломит о. Сааремаа применяют как декоративный строительный камень. Мягкий морской климат, сочетание соснового леса, песчаных морских пляжей, богатых запасов лечебной грязи составляют рекреационные ресурсы Эстонии, благоприятные для развития курортного хозяйства.