Размеры эукариотической клетки составляют 10-100 мкм. В отличие от гирокариотической клетки, она масс оформленное ядро. Ядерная ДНК эукариот представлена незапертой молекулами, которые в результате взаимодействия с гистоновых и негистоновимы белками образуют хромосомы.
Цитоплазма эукариотических клеток, кроме рибосом, имеет и другие органеллы, особенно мембранные (митохондрии, эндоплазматическая сеть, аппарат Гольджи, лизосомы).
При наличии пластид, вакуолей и целлюлозной клеточной стенки эукариотические клетки относятся к растительным, тогда как наличие клеточного центра и гликокаликса свидетельствует о принадлежности их животным. Клетки грибов отличаются от них хитиновыми клеточными стенками.
Несмотря на различие в выполняемых функциях, все клетки имеют много сходных функциональных свойств и морфологических особенностей. Каждая из клеток состоит из цитоплазмы и погруженного в нее наследственного аппарата. Клетка отделена от внешней среды поверхностным аппаратом, который не препятствует процессу обмена веществ и энергии с окружающей средой.