Основная задача гидробиологии - изучение экологических процессов в гидросфере с целью нахождения путей управления, нахождения тех форм отношения людей к водных экосистем, при которых польза от последних была
бы наибольшей, а жаль - наименьшей. Биологические основы освоения гидросферы разрабатываются применительно к условиям комплексного использования водоемов, когда интересы различных форм водопользования и водопотребления тесно увязываются друг с другом согласно перспектив наиболее рационального природопользования. В связи с этим перед гидробиологией встает задача создания научных основ охраны водных экосистем, однако, не следует понимать как сохранение всех их в исходном состоянии. Человечество не может существовать только за счет природных ресурсов без преобразования части природных наземных и водных экосистем в искусственные. Охрана водных экосистем - это защита от всех воздействий, затрудняющих поддержание их в состоянии наибольшего соответствия тем требованиям, которые диктуются жизненными интересами человека. Точная оценка последних крайне сложная, и гидробиология должна работать с большим опережением, чтобы сегодняшнее понимание интересов не оказалось впоследствии опасной заблуждением.
Из конкретных практических задач гидробиологии прежде всего можно назвать ту, которая связана с повышением биологической продуктивности водоемов, получением из них наибольшего количества биологического сырья. Во-вторых, не менее важная задача гидробиологии заключается в поиске средств обеспечения людей чистой водой, поскольку потребность в ней с ростом цивилизации непрерывно увеличивается, а имеющиеся природные запасы истощаются, особенно в результате загрязнения водоемов.
Гидробиологи участвуют в оптимизации экосистем, созданных для промышленной очистки питьевых и сточных вод, обеспечение космонавтики и в некоторых других целях. К исключительно важных задач гидробиологии, приобретаемого в наше время все большее значение, относится экспертная оценка экологических последствий зарегулирования и перераспределения стока рек, антропогенного изменения гидрологического режима озер и морей. К этому же кругу задач относится гидробиологическая экспертиза, оценивает значение вновь создаваемых промышленных, сельскохозяйственных и других предприятий для водных экосистем с целью охраны последних от недопустимых повреждений.
С ростом цивилизации все яснее видно, что за гидробиосферою, как и за сельскохозяйственными угодьями нужен «уход», без чего удовлетворения многих жизненных потребностей людей начнет быстро ухудшаться до катастрофическим последствиям. Гидробиология и является той наукой, обеспечивает разработку экологических основ необходимого «ухода» за биогидросферою в интересах оптимизации ее состояния для человека. Соответствии с необходимостью решения различных вопросов в гидробиологии сформировались и некоторые специальные разделы.