Организмы зообентоса разделяют на инфауну (жители толще донных отложений), онфауну (организмы, обитающие на поверхности почвы) и епифауну (животные, обитающие на поверхности твердого субстрата - камнях, погруженных
стеблях высших водных растений, раковинах отмерших моллюсков и т.п. ).
Типичными представителями инфауны является многощетинковые черви, двустворчатые моллюски, некоторые иглокожие и другие беспозвоночные. Группировки организмов онфауны образуют ракообразные, моллюски, некоторые многощетинковые черви, большинство иглокожих (в море). Епифауна состоит из губок, гидроидов, актиний, мшанок, морских желудей, коралловых полипов и др..
В отдельную экологическую группу нектобентос выделены водные животные, плавающие в придонном слое воды и периодически поднимаются к поверхности. В состав нектобентосу входят придонные рыбы, креветки, мизиды, некоторые голотурии и другие беспозвоночные. Пелагобентос - совокупность организмов, которые попеременно находятся или в толще воды, или на дне водоемов, порой закапываются в донные грунты. Он представлен выше раками, рыбами и некоторыми другими животными, которые постоянно мигрируют между водной толщей и донными грунтами. К пелагобентонтив относятся также личинки комаров, некоторые ветвистоусые, веслоногие и ракушечные ракообразные, ряд коловраток, некоторые зеленые, диатомовые и сине-зеленые водоросли.
Комплекс организмов, способных перезимовывать в толще льда, получил название побег.