Все разнообразие окраски цветков обеспечивается достаточно небольшим набором пигментов. Красное, желтое и оранжевую окраску обусловлено каротиноидами. Но главные пигменты цветов - флавоноиды - соединения, в которых два
ароматических кольца, связаны между собой трьохвуглецевим фрагментом. Флавоноиды присутствуют во всех покрытосеменных растений, и лишь изредка встречаются у водорослей и животных. В листьях они задерживают ультрафиолетовую радиацию, разрушающее действуют на нуклеиновые кислоты и белки и избирательно поглощают сине-зеленые и красные лучи, которые очень важны для фотосинтеза.
Один из крупнейших классов флавоноидов - антоцианы - играют ведущую роль в определении окраски цветков. К ним относится большинство красных и синих растительных пигментов. Они растворимы в воде и находятся в вакуолях. Каротиноиды, наоборот, жирорастворимые и содержатся в пластидах.
Цвет антоцианового пигмента зависит от кислотности клеточного сока в вакуолях. Например, цианидин - красный в кислой среде, фиолетовый в нейтральном, а синий в щелочной. У некоторых растений окраска цветков меняется после опыления, в основном за счет антоцианов, которые делают их менее заметными для насекомых.
Флавоноиды - вторая группа флавоноидов, также очень часто содержится в листьях и цветках. Большинство из них почти бесцветные, но могут давать цветам оттенок слоновой кости или белья.
Во всех покрытосеменных растений характерно пигментация цветков зависит от смешения в разных пропорциях флавоноидов и каротиноидов. Яркая осенняя окраска листьев связано с превращением большого количества бесцветных флавонолов в антоцианы при разрушении хлорофилла.
Некоторые цветы имеют периферии лепестки, которые окрашены каротиноидами, поэтому они отражают ультрафиолетовые лучи. Цетрального часть этих цветков окрашена флавоноидами. Таким образом, способность цветков отражать ультрафиолет связана с присутствием каротиноидов, то есть ультрафиолетовый узор больше присутствует в желтых цветах.
У некоторых растений красный пигмент вовсе не антоциановых и даже не флавоноидной природы. Он относится к более сложным ароматических соединений - бетацианинив. Именно ими окрашенные, например, столовую свеклу.