В главных принципов защиты национальных интересов Украины в духовно-религиозной сфере относятся следующие:
- Приоритет прав человека; верховенство закона; единое правовое поле для всех субъектов государственно-церковных отношений независимо от их гражданства, финансовых возможностей и политического влияния;
- Строгое соблюдение баланса между интересами отдельного гражданина, общины верующих, конфессии, общества, государства и их взаимная ответственность по защите национальных интересов в духовно-религиозной сфере;
- Своевременность и адекватность действий государства относительно реальных угроз национальной безопасности Украины с целью защиты национальных интересов в духовно-религиозной сфере;
- Приоритет ненасильственных договорных средств при решении как внутренних, так и внешних конфликтов в сфере духовно-религиозных отношений;
- Соответствие основных принципов обеспечения национальной безопасности Украины в духовно-религиозной сфере общеевропейской и мировой систем безопасности и ее интеграция в этих систем.