Энергетическое освоение самостоятельных малых рек и водотоков, являющихся притоками крупных рек, должен вестись на основании предварительно разработанных схем комплексного использования водных ресурсов речного бассейна,
включающий природоохранные мероприятия и схемы энергетического использования водотока [1]. К средних рек относятся реки с плоскостью бассейна 2000-50000 км2, в малых рек - менее 2000 км2.
Средние и малые водотоки более уязвимы при интенсивном их усвоения экстенсивными методами. Ухудшение их состояния происходит как по количественным показателям (снижение расхода воды, обмеление и т.п.), так и по качественным (химическое и биологическое загрязнение). Неоднократно отмечались случаи деградации таких водоемов по необдуманного и стихийного усвоения их ресурсов, особенно за регулирование с помощью плотины без увязки гидрологических режимов по всей длине водотока.
Чрезвычайно остро стоит вопрос о сохранении пойм и пойменных земель, является, с одной стороны, исходной базой естественного и культурного кормопроизводства, а с другой - естественным биохимическим барьером реки, ее очистителем-фильтром. Поэтому при проектировании гидроузлов и водохранилищ важное значение придается сохранению пойменных земель. Решение этого вопроса достигается технико-экономическим обоснованием выбора создания ГЭС и гидроузлов. Также можно выделить категорию временных антропогенных воздействий (при строительстве): акустическое загрязнение, загрязнение атмосферы во время работы строительной техники; помутнение воды, сбросы нефтепродуктов; строительно-хозяйственные постройки, склады, коммуникации, строительно-хозяйственные отходы; залповые сбросы и выбросы загрязнений, пиковые строительные воздействия, нарушение почвенного и растительного покрова; комплексные воздействия на флору и фауну [1].
Также можно выделить категорию стохастических антропогенных воздействий при эксплуатации ГЭС, к которой относятся: осушение поймы, зимние затопления земель, льодотермични и климатические изменения в нижнем бьефе; тепловое, механическое, химическое загрязнение водохранилищ; биологическое, органическое (естественное и искусственное), биогенное, бактериальное загрязнение; загрязнения ядохимикатами и нефтепродуктами, изменение органолептических свойств; аварийные воздействия на все природные сферы.