Бенеш был глубоко поражен франко-английским ультиматумом, полученным в ночь с 20 на 21 сентября 1938, кризисом в Мюнхене и той, что произошла 15 марта 1939 Он был благодарен советской России за ее платоническую обещание, данное
21 сентября, предоставить Чехословакии помощь при условии, что сначала Франция выполнит свои обязательства. Бенеш очень верил в добрые намерения Сталина и был недовольный тем, что британцы в разгар войны отмалчивались и не объявили Мюнхенские соглашения аннулированными и недействительными; однако, надо было дождаться августа 1942 В июле посол
Майский передал Бенеш послание Москвы, в котором предлагалось восстановить Чехословакию в том виде, в котором она существовала ранее, и сформировать в России чехословацкую армию. В декабре 1943 г., вскоре после конференции «большой тройки» в Тегеране, Бенеш уехал в Москву и имел там важные разговоры со Сталиным и Молотовым. Его собеседники убедили его в том, что СССР не имеет никакого намерения вмешиваться во внутренние дела Чехословакии. Он получил их согласие на восстановление границ 1937 и на передачу возвращенных территорий под чехословацкую власть с момента их освобождения. Поэтому договор о союзе был подписан без каких-либо сомнений со стороны Бенеша. Можно, так, понять его разочарование, когда осенью 1944 г. он узнал о том, что советские эмиссары, которые пришли с Советской армией, несмотря на протесты чехословацкого делегата, подстрекали население Подкарпатской Руси (Закарпатье) до подачи петиций о присоединении этого района к советской Украина. Бенеш сначала подумал, что это был маневр со стороны украинских коммунистов, направлен на то, чтобы заставить Сталина к этой акции, однако он быстро понял, что Сталин полностью поддерживал такую политику.