Две субъединицы ? взаимодействуют между собой в составе кор-фермента бактериальной РНК-полимеразы
(рис. 5.2), выполняя структурную роль: они способствуют удержанию вместе других частей фермента. Две большие субъединицы ? и ? формируют характерные челюсти (Форма напоминает также клешню краба), в щели между которыми с ферментом взаимодействует ДНК, расположенная Ниже (Downstream) в направлении движения полимеразы от точки, которая в данный момент находится в активном центре. Челюсти являются подвижными элементами, способными размыкаться / замыкаться во время работы полимеразы.
Глубоко в щели между челюстями, слева от F-спирали (F bridge helix), изображенной на рис. 5.2 (относится к самой субъединицы ? '), расположен каталитический активный центр: 3 остатки Asp (также относятся к ?'), которые содержат ключевой для катализа ион Mg2 + (рис. 5.3). Структурные элементы, окружающие активный центр, обеспечивающие взаимодействие полимеразы с нематричним цепью ДНК (поддерживая его расплавленное состояние), двухцепная гибридом ДНК-РНК, способствуют разделению двойной спирали ДНК ниже активного центра, разделения двойной спирали ДНК-РНК гибрида и восстановлению двойной спирали ДНК выше (upstream) активного центра. От активного центра, где находится 3'-конец РНК, растущей РНК выходит за пределы полимеразной комплекса через специальный канал. Другой, так называемый вторичный канал, позволяет нуклеозидтрифосфатам попадать в точки роста РНК.