Понятно, что РНК-полимераза может быть ориентирована относительно ДНК двумя способами:
каждой из этих ориентаций будет соответствовать два возможных направления движения фермента при транскрипции. Соответственно, один из двух цепей ДНК будет избираться как матричный тот, с которого считывается информация в направлении 3 ' 5' и на котором синтезируется комплементарный цепь РНК в противоположном направлении 5 '? 3' (рис. 5.6).
Последовательность цепи ДНК, который является комплементарным матричном, совпадает с последовательностью РНК, синтезируется. Поэтому именно этот нематричний цепь называют кодирующим или содержательным, и именно его последовательность принято приводить в последовательности данного гена (матричный цепь называют, соответственно, антикодуючим). Нуклеотид кодирующего цепи, отвечает стартовом нуклеотида РНК (чаще пуриновый), обозначается как +1, следующие нуклеотиды (или пары оснований) в направлении движения полимеразы нумеруют с пометкой? +?: +2, +3 И т.д. В обратном направлении (слева на рис. 5.6) нуклеотиды нумеруют с пометкой??? (Начиная с? 1). Типичный бактериальный промотор (рис 5.6) состоит из двух элементов последовательности, которые находятся на расстоянии примерно? 10 и? 35 от стартовой точки. Консенсусная (обобщенная для различных промоторов) последовательность элемента? 35 имеет вид T82T84G78A65C54A45 (числами обозначены частоту данной пары оснований в процентах). Последовательность элемента? 10 (называется также боксом Прибноу (David Pribnow)? Pribnow box): T80A95T45A60A50T96. Вариабельность последовательностей определяет различную эффективность инициации? силу промоторов. Именно элементы? 35 и? 10 непосредственно узнаются ?-фактором при инициации транскрипции.
Приведенные последовательности узнаются вариантом ?-фактора с молекулярным весом 70 кДа (?70), который достаточно широко применяемым, но не единственным. Нескольким другим вариантам ?, под контролем которых находятся определенные группы промоторов, отвечают другие консенсусные последовательности 35 и? 10. Взаимодействие ?-фактора с промотором четко ориентирует РНК-полимеразу отношении ДНК, т.е. определяет и стартовую точку транскрипции, и ее направление (выбор одного из двух цепей как матричного).