При элонгации транскрипции РНК-полимераза движется вдоль матрицы вместе с расплавленными 12 14 парами
оснований в транскрипционного пузыре (рис. 5.4, 5.8). При этом на каждом шагу полимеразы одна пара оснований разрушается впереди пузыря и одна восстанавливается позади. Разделение двойной спирали ДНК перед пузырем облегчается так называемой G-петлей РНК-полимеразы (G-trigger loop, рис. 5.8).
В зоне пузыря с полимеразой всегда связан ДНК-РНК-гибрид длиной восемь Дев Пять пар оснований: восемь Дев Пять нуклеотидов на 3'-конце РНК привлечены к образованию двойной спирали с матричным цепью, следующие п пять шесть нуклеотидов локализованы в канале выхода РНК, остальные нуклеотидов на 5'-конце выходят за пределы полимеразной комплекса. Деления гибрида, а значит, и восстановлению ДНК-дуплекса, способствует L-петля (lid loop, рис. 5.8). Наличие ДНК-РНК гибрида при транскрипции является очень важным обстоятельством. Этот гибрид существует благодаря специфическим взаимодействиям, которые реализуют с ним определенные элементы полимеразы. Высокое сродство РНК-полимеразы к гибрида обеспечивает высокую процесивнисть фермента способность работать на матрице без диссоциации. Другой фактор повышения процесивности взаимодействие транскрипта с каналом выхода РНК. Диссоциация полимеразы, которая была возможной во время синтеза первичного транскрипта, пока гибрид был недостаточно длинным (абортивное инициация, см. Выше), во время элонгации становится маловероятным событием. На рис. 5.8 схематически изображена исходную конфигурацию системы в начале каждого елонгацийного цикла перед связыванием очередного NTP.
Сайт связывания формируется 3'-концевым нуклеотидом РНК, неспаренным нуклеотидом матричного цепи ДНК (обозначенным как +1), активным центром полимеразы и его окружением, в частности F-спирали (рис. 5.3, 5.8). ОН-группа на 3'-конце РНК фиксируется в активном центре рядом с ионом Mg2 + (рис. 5.3, 5.9). NTP попадает на сайт связывания через вторичный канал вместе со вторым ионом Mg2 +. Первый этап елонгацийного цикла отбор и связывание нуклео-идтрифосфату, которое контролируется матрицей (нуклеотидом и +1).
Родство всех четырех типов NTP к РНК-полимеразы является достаточно невысокой, что позволяет осуществлять быстрое связывание / диссоциацию. Реализация комплементарных взаимодействий NTP с соответствующим нуклеотидом матрицы (появление нового лиганда в сайте связывания Комплементарной нуклеотидной пары) вызывает конформационную смену с замыканием NTP и жесткой фиксацией субстратов в активном центре (рис. 5.9, 5.10).
Второй этап химическая реакция присоединения очередного нуклеотида к 3'-концу транскрипта (рис. 5.9). При реализации комплементарных взаимодействий между NTP и нуклеотидом в составе матрицы, NTP жестко фиксируется в активном центре в определенной Напряженной реакционные конформации, которая может рассматриваться как интермедиат реакции.