Понятно, что гены и оперона (см. 4) не транскрибируются постоянно, а включаются / выключаются в определенные
моменты зависимости от внешних условий, стадий клеточного цикла и т.п.. Главными элементами, взаимодействие между которыми приводит к активации или репрессии транскрипции, являются так называемые цис-и транс-элементы. Цис-элементы? это регуляторные элементы последовательности ДНК, которые физически связанные с данным геном или опероном, у прокариот часто называются операторами и находятся в непосредственной близости к промоторов. Транселементы белковые факторы транскрипции, свободно диффундируют (транспортируемых) в пространстве клетки, ища свой цис-элемент, с которым они имеют специфическую родство. Если связки транс-элемента с оператором приводит к активации транскрипции (часто за счет прямых белок-белковых взаимодействий транскрипционного фактора с РНК-полимеразой, которые повышают ее родство с промотора), говорят, что фактор является активатором и совершает положительную регуляцию. Если фактор блокирует связывание РНК-полимеразы (часто за счет снижения доступности промотора), его называют репрес-ром говорится о негативной регуляции.
Эти принципы регуляции, которые, усложняясь, хранятся также в эукариот (раздел 6), реализуемые на стадии инициации. Кроме того, для регуляции используются другие моменты транскрипции. Типичные механизмы регуляции в прокариотических системах проиллюстрировано ниже на конкретных примерах.