Последовательность уборки преинициаторного комплекса может быть разной, но все базальные факторы должны
присутствовать в составе инфраструктуры для последующего запуска транскрипции.
TFIID один из важнейших базальных факторов, который определяет опознания стандартных элементов базального промотора (если они присутствуют). Основой структуры TFIID есть ТВР (TATA-box Binding Protein) белок со специфическим сродством к ТАТА-бокса. Достаточно широкий ?-слой в составе ТВР взаимодействует с маленьким желобком ДНК, следствием чего является существенная деформация двойной спирали с ее раскруткой и значительным изгибом в противоположную от белка сторону (см. рис. 3.18). Именно с этого противоположной стороны (внутри изгиба) располагаются белковые компоненты преинициаторного комплекса, обворачиваются промотором (см. ниже). Итак, изгиб ДНК, индуцируется ТВР, организует промотор и связанные с ним элементы в единый компактный комплекс и поддерживает его стабильность. Довольно часто (но не обязательно) связывание TFIID инициирует сбор инфраструктуры.
С ТВР в составе TFIID связаны так называемые ТВР-ассоциированные факторы (TAFs TBP Associated Factors) восемь или больше белков (конкретный состав факторов варьирует для разных промоторов). TAFs взаимодействуют с ТВР и между собой, некоторые из них способны также взаимодействовать с ДНК. В частности, TAFИИ150 (или его аналог, 150 Молекулярный вес в килодальтон) УПИ-знает DPE (рис. 6.4), т.е. обеспечивает связывание TFIID с базальным промотором, в составе которого отсутствует ТАТА-бокс. Если промоторе не-имеет также и DPE, другие TAFs осуществляют белок-белковые взаимодействия с фак-торами транскрипции, которые связаны с другими элементами последовательности.
Например, GC-бокс узнается транскрипционных факторов Sp1 (Specificity protein 1), который, в свою очередь, рекрутирует TAFИИ110, что становится компонентом TFIID через взаимодействие с TAFИИ250. Белок TAFИИ250 является практически обязательным компонентом TFIID (как ТВР), выполняя роль основного фактора сбора, с которым взаимодействуют другие TAFs. Кроме того, TAFИИ250 содержит в своем составе бромо-домен и гистона-ацетилтрансферазну активность (раздел 4): соответственно, способен как узнавать ацетилированные гистоны в зоне промоторов, так и осуществлять такое ацетилирования.
TFIIA гетеродимерний белок, кофактор, стабилизирующий комплекс ТВР с ДНК. Соответственно, этот фактор можно было бы считать еще одним TAF. В системах in vitro TFIIA не является необходимым для инициации транскрипции, однако его отсутствие в клетках дрожжей является летальной. TFIIB мономерной белок с мультидоменные структурой. Два С-концевые домены взаимодействуют с ДНК по обе стороны от сайта связывания ТВР, с внутренней стороны изгиба, который индуцируется этим белком (рис. 6.5). Таким образом, два белка, которые взаимодействуют и между собой, связываются с ДНК кооперативно, взаимно усиливая сродство к ней.
Два С-концевые домены TFIIB имеют различную структуру и взаимодействуют с различными элементами ДНК (маленьким и большим желобками). Такая асимметрия (существование двух альтернативных вариантов связывания с ДНК) играет роль в определении направления транскрипции. Это пол Связано с тем, что N-концевая часть TFIIB (практически не имеет регулярной вторичной структуры) взаимодействует с РНК-полимеразой II. Таким образом, именно TFIIB определяет положение полимеразы в ДНК относительно стартовой точки в одной из двух возможных ориентаций фермента.