Промотор РНК-полимеразы II, обобщенная схема которого изображена на рис. 6.3, может состоять из следующих
элементов последовательности (для конкретных промоторов наблюдаются многочисленные вариации этой схемы). Проксимальные (примерно в зоне 50 200 пар оснований относительно старта транскрипции) и дистальные (везде относительно старта) регуляторные элементы имеют сродство к специфическим факторов транскрипции, взаимодействие с которыми активирует / блокирует сбор преинициаторного комплекса.
Если дистальный элемент усиливает эффективность инициации, его называют энхансеры (enhancer Усилитель), если наоборот сайленсеры (silencer глушитель). В зоне старта находится так называемый базальный промотор, на котором, собственно, и происходит сбор PIC. Базальный промотор может включать (не обязательно) три элемента: ТАТА-бокс (начинается примерно с 30-й пары оснований), инициаторным элемент (Initiator, Inr) непосредственно в зоне старта, DPE (Downstream Promoter Element) на расстоянии примерно +30 пар оснований от старта.
Последние два элемента, Inr и DPE, как правило, присутствуют (если присутствуют) одновременно. Например, примерно 14% промоторов дрозофилы содержат все три элемента, 29% только ТАТА-бокс, 26% только DPE вместе с Inr, 31% не содержат ни одного из трех элементов. В последнем случае промотор определяется другими, более специфическими элементами последовательности. В частности, довольно часто встречается так называемый GC-бокс, расположенный, как правило, несколько выше (upstream) относительно положения ТАТА-бокса.