Сбор преинициаторного комплекса является первым событием процесса инициации.
Схему строения комплекса приведены на рис. 6.6: ДНК (базальный промотор) длиной примерно 70 пар оснований обертывает белковые компоненты инфраструктуры. При этом промоторные ДНК связана главным образом с базальными факторами транскрипции, не с полимеразой: зажим, который формируется челюстями полимеразы (рис. 6.1) не позволяет разместиться двухцепная ДНК в щели вблизи от активного центра. Начинается синтез короткого первичного транскрипта, короткая гибридная двойная спираль стабилизируется тем самым N-концевым доменом TFIIВ, который при этом блокирует канал выхода РНК.
На следующем шаге срабатывает киназного активность TFIIH: происходит фосфорилирование, которое является точкой переключения инициации на элонгации. CTD теряет связь с базальными факторами транскрипции, которые диссоциируют от полимеразы происходит очищение промотора. РНК-полимераза продолжает синтез РНК, а часть базальных факторов может оставаться на базальном промоторе и инициировать связывание другой полимеразы. После терминации транскрипции (раздел 7) РНК-полимераза связывается с TFIIF, который рекрутирует специфическую фосфатазу? происходит дефосфорилирование CTD, и полимераза вступает в новый рабочий цикл.