Механизм действия комплексов ремоделирования базируется на гомологии с ДНК геликазамы.
Несмотря на это, АТРазна субъединица КС не способен действовать как геликаза? разводить две цепи. Подобно геликаз, комплексы ремоделирования, используя энергию гидролиза АТР, передвигаются вдоль ДНК, но без ее разрушения. Такая транслокация должна быть связана с одновременным вращением фермента вокруг двойной спирали или наоборот прокруткой спирали через фермент. Поскольку КС при этом зафиксирован на нуклеосомы, взаимное вращение комплекса и нуклеосомы невозможно, движение комплекса в сторону винуклеосомы будет генерировать торсионную напряжение (изменение Твиста), толкая дополнительные витки двойной спирали внутрь нуклеосомнои ДНК? ДНК прокручивается через КС (рис. 6.16). Такой сценарий работы комплексов ремоделирования рассматривается сегодня как наиболее вероятный.
Напряжение, которое создается за счет транслокации комплекса ремоделирования, может трансформироваться в смену Твиста в пределах конечного участка нуклеосомнои ДНК. Локальное изменение Твиста диффундирует внутрь нуклеосомы, результатом чего является прокрутки двойными спирали по поверхности октамер гистонов, т.е. изменение его позиции (рис. 6.17). При таком механизме перемещения путем твистингу (twisting) не должно наблюдаться больших изменений в структуре нуклеосомы во время ее передвижения. Именно это и характерно для комплексов ремоделирования типа ISWI. Комплексы ремоделирования семьи Swi / Snf способны генерировать промежуточные состояния нуклеосомы, в которых ДНК более доступной для нуклеаз, за счет формирования петли ДНК на поверхности октамер гистонов.
Итак, в отличие от предыдущего механизма, для комплексов Swi / Snf напряжение является результатом транслокации, вызывает випетлювання (bulging) нуклеосомнои ДНК. Такая петля, предположительно, формируется на конечном участке ДНК в нуклеосомы и дальше передвигается по поверхности октамер, что приводит опять к изменению позиции нуклеосомы (рис. 6.17).
Промежуточные метастабильные состояния нуклеосомы с випетлюванням ДНК могут играть важную функциональную роль сами по себе, поскольку уже могут обеспечивать рост доступности нуклеосомнои ДНК: экспонирование петли создает условия для ее? Захвата? транскрипционных факторов. Кроме того, значительная дестабилизация ДНК-гистоновых взаимодействий в промежуточном состоянии с випетлюванням значительно повышает вероятность разрушения нуклеосомы: в присутствии Swi / Snf продемонстрировано переноса гистонов на другой участок ДНК или на промежуточные переносчики гистонов.