Для инициации транскрипции необходим определенный участок молекулы ДНК, называемый ПРОМОТОРОМ. Он отличается от стартовой точки, которой служит пара оснований в ДНК соответствующая нуклеотиду, который первым включается в транскрипт, синтезируемый РНК-полимеразой.
Промотор необходим для специфического связывания РНК-полимеразы с молекулой ДНК. ДНК, предшествующая стартовой точке, называется последовательностью, расположенной против хода транскрипции; ДНК после стартовой точки называется последовательностью, расположенной по ходу транскрипции. Последовательность ДНК принято записывать так, что транскрипция происходит слева направо (это соответствует обычному написанию мРНК в направлении от 5'-конца к 3'-концу).
Положения оснований нумеруются в обоих направлениях, начиная от стартовой точки, которую обозначают как +1. По ходу транскрипции происходит нарастание порядковых номеров оснований. Позиции оснований, расположенных против хода транскрипции, обозначаются со знаком минус, и значения номеров возрастают по мере удаления от стартовой точки.
Исследование большого числа промоторов показало, что последовательности нуклеотидов, способные создавать сигнал для связывания РНК-полимеразы, сильно варьируют, хотя и обладают рядом общих структурных особенностей. У E. coli против хода транскрипции от стартовой точки располагается область из 6 п.н., которая может бать обнаружена почти во всех промоторах. Эта последовательность может быть разной, но всегда похожа на последовательность ТАТААТ, которая называется блоком Прибнова (Pribnow). Сам блок Прибнова встречается достаточно редко, но он является среднестатистической или канонической последовательностью, составленной из оснований, наиболее часто встречающихся в каждой позиции. Каноническая последовательность может также быть представлена в виде Т80А95Т45А60А50Т96, где цифрами показана частота (процент) встречаемости основания в данном положении.
Центр блока Прибнова обычно располагается примерно на расстоянии 10 п.н. от стартовой точки против хода транскрипции. Поэтому иногда этот блок обозначают просто как положение - 10. В действительности положение гексануклеотидного участка варьирует от -11 до -5 или от -14 до -8, причем последний интервал встречается чаще. Сходная последовательность обнаруживается в другом положении с центром около нуклеотидного остатка -35. Этот участок называется последовательностью -35 и имеет структуру T82T84G78A65C54A45. Тогда как участок -10 входит непосредственно в область связывания ДНК с РНК-полимеразой, участок -35 лежит за пределами области прочного связывания, но, вероятно, важен на первом этапе взаимодействия РНК-полимеразы и ДНК и называется также областью узнавания. Расстояние между положениями -10 и -35 варьирует от 16 до 19 п.н.
Хотя типичный промотор E. coli содержит оба участка -35 и -10, имеется ряд промоторов, не содержащих последовательности -35. Однако такие промоторы содержат расположенный рядом участок, который узнается дополнительным регуляторным белком, способствующим инициации. Обнаружено также очень небольшое число промоторов, лишенных последовательности -10. Поскольку участки -35 и -10 могут отсутствовать, можно предполагать существование других способов специфического узнавания РНК-полимеразой участка начала транскрипции, однако сколько существует таких механизмов и как они реализуются, пока не известно. Кроме того, для разных бактериальных s-факторов может существовать своя собственная консервативная последовательность -35 и -10.
В случае эукариотической РНК-полимеразы II тоже находят две промоторные последовательности, аналогичные участкам -10 и -35 E. coli (рис. 123). Во-первых, почти повсеместно встречается последовательность из 7 н.п., отделенная от стартовой точки расстоянием от 19 до 27 п.н. (предпочтительно в положении -25).