Вследствие дальнейшей дифференциации первоначального тела первых примитивных высших растений в процессе их эволюции сначала возникли вегетативные, а позже, в наиболее высокоорганизованных, генеративные органы. Ведущую роль при этом, как и при возникновении различных типов тканей, сыграл процесс выхода растений на сушу и их адаптация к условиям надземно-воздушной среды.
На основе анализа ископаемых остатков растений считают, что органы возникли из совокупности телом - цилиндрических осевых органов первые надземные растений, которые получили название риниефиты. Весь листкостебловий побег высших растений образовался в результате объединения групп телом и разделения функций между цилиндрическими осевыми органами - стеблями и плоскими боковыми органами - листьями. Немаловажное значение в эволюции растительного мира имело возникновение почек - замкнутых вместилищ верховых меристем, которые защищены листовыми зачатками и почечными чешуйками. Корни, по мнению ученых, возникли с телом, которые были распростертые на поверхности почвы, а затем углубились в него.
Под органом растения понимают часть ее тела, имеющего определенное строение и выполняет соответствующие функции.
В составе тела высших растений выделяют два основные вегетативные органы: корень и побег. В свою очередь побег состоит из стебля, почек и листьев. Такое разделение соответствует первоначальной дифференциации тела надземных растений. Кроме того, все элементы побега онтогенетически возникают из единого массива меристемы и один без другого существовать не могут. В наиболее высокоорганизованных групп растений на побеге возникают генеративные органы, представленные в покрытосеменных растений цветком, плодами и семенами.
В размещении органов высших растений можно проследить отдельные закономерности, выражающиеся в полярности и симметрии. Полярность в размещении органов состоит в том, что в теле растений есть две противоположно расположенные части, которые нарастают в противоположных направлениях. На одном из концов растения размещается подземная часть, которая представлена различными типами корней. На противоположном конце находятся побеги системы, представляющие собой надземную часть. В теле растений выражена не только морфологическая или структурная полярность, но и физиологическая, они между собой теснейшим образом связаны и обуславливают друг друга. Зависимости от эволюционного уровня развития того или иного организма полярность может проявляться в более простой или достаточно сложной форме. Симметрия в размещении органов состоит в том, что через тело растения и его отдельные органы можно провести плоскости симметрии. Она проявляется как во внешней, так и во внутренней строении органов. Радиально-симметричными являются такие органы, как корень, стебель, много плодов и цветов. Двосиметричнимы или бисиметрични органами, когда через них можно провести две взаимно-перпендикулярные плоскости, есть отдельные цветы и плоды, а также плоские побеги некоторых кактусов и зародыши двудольных растений. Односиметричнимы или моносиметричнимы являются органы, через которые можно провести только одну плоскость симметрии и тогда части органа или органы имеют две противоположные стороны (например, листок, отдельные цветы, большинство семян). Встречаются также несимметричные или асимметричные, неправильные органы, через которые нельзя провести ни одной оси симметрии (например, листья или цветы отдельных видов).