После двойного оплодотворения клеток зародышевого мешка (развитие семени без оплодотворения может происходить в случае апомиксис) происходит формирование семени. Оплодотворенная яйцеклетка переходит в состояние покоя, который может длиться разное время и частично зависит от внешних условий.
У представителей астровых и Тонконогових этот период наиболее короткий. Первый раздел зиготы сопровождается появлением поперечной перегородки. При этом клетку, отделяется в сторону середины зародышевого мешка, называют терминальной. Другую клетку называют базальной. Дальнейшее разделение у разных видов происходит по-разному. Например, у представителей семьи Капустные базальная клетка делится поперек, а терминальная - вдоль, что приводит к образованию проембрия или передзародка. При этом каждая из терминальных клеток делится в направлении, перпендикулярном первой клетки и таким образом возникает стадия квадрантов. Затем каждая из клеток квадрантов делится поперечной перегородкой, образуя клетки-октанты. Одновременно клетки, возникшие с базальной клетки, делятся поперечными перегородками, формируя подвесок, вовлекающий производные терминальной клетки, т.е. проембрио, в полость зародышевого мешка заполняется эндоспермом, который развивается из оплодотворенного триплоидному вторичного ядра. Самая верхняя клетка подвеску разрастается в пухирчасте образования и, наиболее вероятно, играет роль гаустории. Из клеток-октантов нижние в дальнейшем образуют конус нарастания побега и семядоли, а верхние - гипокотиля. Первичный корень, который в дальнейшем становится главным корнем, возникает из самой нижней клетки подвеску. Наблюдаются и другие варианты образования зародыша. В двудольных покрытосеменных растений сформирован зародыш имеет две семядоли, подсемядоли колено, первичный корень и конус нарастания первичного побега (в отдельных случаях он вместе с несколькими зачаточными листьями формирует зачаточном почечку). В односимьядольних покрытосеменных образуется только одна семядоля на верхушке зародыша, а точка роста побега занимает боковое положение. Во многих зозулинцевих, а также у паразитических и сапрофитных растений зародыш достаточно мал и состоит из группы одинаковых клеток.
Эндосперм, который имеет важное значение для развития зародыша и служит для него основным источником питательных веществ, может быть двух основных типов - нуклеарной и целлюлярная. При нуклеарной типе первый раздел ядра и несколько следующих не сопровождаются образованием клеточных перегородок, или вообще не возникают, или возникают позже. При целлюлярная типе перегородки возникают как при первом, так и при большинстве следующих разделов, в результате чего зародышевый мешок состоит из ряда камер. В зозулинцевих развитие эндосперма тормозится (триплоидному ядро или отмирает сразу, или после 1-4 делений).
В результате описанных выше процессов семенной зачаток постепенно превращается в семя. Кожура семени образуется из интегумента, частично из нуцелюса. С нуцелюса в отдельных случаях формируется так называемый внешний белок - перисперм.
Стенка завязи после оплодотворения образует оплодень, который окружает семени. При этом стенки завязи разрастаются, видоизменяются, меняется их химический состав. Особенно глубоки биохимические изменения. Происходит накопление углеводов, витаминов, различных ароматических соединений, липидов и других веществ, на чем и основано использование плодов животными и человеком. Оплодень зрелых плодов, как правило, не содержит хлоренхимы. Плоды становятся бурыми или приобретают яркую окраску благодаря синтезу различных пигментов.
Плоды, возникают только из завязи, называют настоящими. Часто кроме завязи в образовании плодов участвуют и другие части цветка, чаще цветоложе и цветоножка, а также в отдельных случаях - основы чашелистиков и тычинок. Такие плоды называют ложными. Плод в основном сохраняет признаки тех частей цветка, из которых он возникает, однако первичные структуры часто подвергаются глубоким изменениям. Поэтому в строении плода наряду с признаками гонец и других частей цветка выступают признаки собственно плода заметно отличают его от соответствующих частей цветка. Лишь в простейших случаях (виды семейств - лютик, Бобовые) зрелые плоды внешне отличаются от гонец только размерами, однако в большинстве случаев они приобретают такие своеобразные черты, что трудно установить, из которого гонец они возникли.