Содержание гистона Н1 в хроматине является тканеспецифической (раздел 4), но обычно не превышает одной молекулы на октамер коревых гистонов. В отличие от коревых, линкерний гистона Н1 (обозначается также как лизин-обогащенный) - мономерный белок, содержащий не более 200 аминокислотных остатков: неупорядоченный
N-концевой хвост длиной ~ 40 остатков (обогащенный на Lys и Ala), небольшой глобулярный доменов (GH1 ), длинный (половина молекулы) С-концевой неупорядоченный хвост, обогащенный на Lys, Ala и Pro. Отношение количества положительных аминокислотных остатков к негативным в гистона Н1 равна примерно 5.
Гистона Н1 существует в виде достаточно большого количества вариантов-семьи линкерних гистонов. Например, у млекопитающих в соматических клетках всех тканей встречаются четыре варианта Н1, обозначаемые НГ-1, 2, 3, 4. Кроме того, в терминально дифференцированных клетках присутствует вариант Н10, в семенниках, селезенке и тимусе - Н1А, а также несколько изоформ Н1 "в сперматоцитах. В неактивном хроматине эритроцитов птиц содержится аналог гистона Н1 - гистона Н5. Все эти варианты различаются, главным образом, по неупорядоченных хвостах, глобулярный домен достаточно консервативен. Линкерний гистона активного хроматина дрожжей Saccharomyces cerevisiae Hho1 содержит два глобулярные домены вместо одного (гомологичные GH1) и лизин-обогащенный С-концевой хвост. В хроматине инфузории Tetrahymena, наоборот, содержится линкерний гистона, в котором отсутствует глобулярный домен.
По своей структуре глобулярный домен Н1 относится к семейству ДНК-связывающих белков типа "спираль-поворот-спираль с крыльцом" (winged helix-turn-helix). Две а-спирали (в составе достаточно стандартного для глобулярных белков триспирального пучка) расположены примерно под прямым углом друг к другу, роль крылышки играет небольшой ß-структурный слой (рис. 7, цвет. В ст.). Поверхность глобулы является положительно заряженным и, соответственно, имеет сродство к ДНК. Понятно, что положительно заряженные хвосты также эффективно взаимодействуют с ДНК. В хроматине глобулярный домен взаимодействует с нуклеосомы на входе / выходе нуклеосомнои ДНК, С-концевой хвост - с линкерами (откуда и происходит название семейства). Гистона Н1 является одним из главных факторов стабилизации хроматиновыми фибриллы 30 нм (раздел 4).