На аминогруппу может присоединиться не только одна (как на схеме), а две или три метильные группы, на гуанидиновых групп - одна или две. Как показано на схеме, положительный заряд не исчезает вследствие
метилирования. Однако, некоторые неспецифические последствия могут иметь место: метилирования несколько повышает гидрофобность остатка и снижает его способность образовывать водородные связи. Главное следствие метилирования-опознания метилированных остатков определенными белками. Четкой корреляции между метилирования и транскрипционной активностью нет - например, метилированных H3Lys4 (четвертый Lys в гистона Н3) обычно присутствует в транскрипционно активных участках, а H3Lys9 - в репрессированных.
Гистона-метилтрансферазы - высокоспецифические ферменты, каждый из которых осуществляет метилирования только конкретного остатка в конкретном гистонов. Некоторые остатки могут подвергаться деметилирования за счет деметилазних активностей. Но для многих остатков - в отличие от других модификаций-метилирования является долговременным: метилированных гистоны хранятся в определенных участках хроматина долгое время и исчезают с хроматиновыми участки только вместе с гистонов результате его замены на неметильовану молекулу. Например, метилированных гистоны Н3 при активации транскрипции могут (и это сопровождается ацетилированием гистонов) заменяться неметильований вариант Н3.3. Продолжительность метилирования гистонов делает эту модификацию одним из важных механизмов эпигенетической наследственности (раздел 5).