Структурная организация простейших - как эукариотической клетки. Снаружи клетка покрыта трехслойной клеточной оболочкой. Внутриклеточные мембранные системы, включая митохондрии, аппарат Гольджи, эндоплазматическая сеть, имеют строение, похожее на структуру любой эукариотической клетки.
Важными органеллами простейших есть микротрубочки, выполняющие роль цитоскелета и участвуют в различных динамических процессах, в частности, в транспорте вакуоль и некоторых органелл.
Жгутики и реснички используются для передвижения и захвата пищи. Во многих паразитических форм они появляются лишь на определенных стадиях жизненного цикла.
В клетках противостою есть сократительные вакуоли, обеспечивающих осморегуляции. Все противостою имеют ядро. Нередко случается много ядер, которые могут быть диплоидными и гаплоидными. Деление ядер митотический. Половые процессы, при которых после мейоза сливаются две гаметы, характерны для многих видов одноклеточных.
Форма противостою весьма разнообразна. Размеры их тоже варьируют от одного-двух до десятков.
Большинство простейших в процессе жизненного цикла меняют свой внешний вид. Если размножение у свободноживущих простейших связано обычно с простым делением, то у паразитических форм довольно распространенный множественный разделение в форме шизогонии. При этом резко возрастает количество паразитов во внутренней среде хозяина. Половой процесс у простейших, то есть слияние разнокачественных ядер, связан с редукционным делением или мейозом, в результате которого диплоидный набор хромосом становится гаплоидным. Во многих простейших при половом процессе копулюють две гаметы, которые могут быть морфологически идентичными (изогамия) или разными (анизогамия). В большинстве простых одно ядро, а у некоторых видов их много. Если ядра простейших одинаковые, их называют гомокариотнимы против-стами. У видов со сложными половыми циклами, например у Грега-рин, одноядерные стадии часто чередуются с многоядерными. Так, споро-зоиты и мерозоиты микроспоридий одноядерные, а в шизонтов много ядер.
Паразитические простейшие в связи с присущей им сменой поколений испытывают циклических преобразований. В грегарин и других представителей типа Аристрииеха агамогония, бесполое размножение, начинается с образования из зиготы внутри споры инвазивной стадии - спорозоитов. В клетке хозяина спорозоиты вырастают в трофо-зоитив, что в дальнейшем дают гамонты (гаметоциты), т.е. клетки, в итоге развиваются в гаметы. У высокоорганизованных паразитов, в том числе микроспоридий, трофозоиты сначала становятся многоядерными шизонтов (меронгамы). В процессе шизогонии образуются мерозоиты, обеспечивающих распространение паразита по всему организму хозяина. Мерозоиты могут снова размножаться путем шизогонии, или же развиваться в гамонты. С гематогопии начинается фаза полового размножения.
Для всех паразитических форм простейших характерны явления инцистування и спорообразования. Цисты и споры имеют прочную внеклеточную оболочку, что защищает организм в экстремальных условиях окружающей среды.
Паразитическим простейшим присущ разный уровень видовой специфичности и способность размножаться в определенных органах и тканях хозяина.
Культивируют паразитических простейших на живых чувствительных организмах, культурах клеток и органов. В некоторых случаях отдельные виды удается культивировать на сложных искусственных питательных средах, содержащих сложные компоненты животного происхождения (кровь, экстракты тканей и т.п.).