Как было отмечено выше, на стадии бластоцисты одни бластомеры идут на образование трофобласта, другие формируют эмбриобласт. Клетки трофобласта отмечаются маленькими размерами.
При имплантации они начинают выделять протеолитические ферменты, которые расщепляют стенку матки, способствуя укоренением зародыша. Клетки эмбриобласта продолжают делиться и инвагинують с образованием гаструлы. Формируются зародышевые листки, клетки которых участвуют в закладке соответствующих органов. Часть клеток экто-, энто-и мезодермы образуют зародышевые оболочки, предохраняющие эмбрион от воздействия среды. Хорион и трофобласт формируют плаценту. В плаценте можно выделить зародышевую часть образующегося ворсинками хориона и сосудами аллантоиса и материнскую часть - измененную стенку матки.
На ранних стадиях дробления (до 8, реже до 32 бластомеров) клетки остаются «равноправными», идентичными и способны дать начало любой части зародыша или всему организму. Такое свойство ранних бластомеров называется тотипотентность. Образование однояйцевых (идентичных) близнецов у человека также связано с естественным разделением первых двух бластомеров, образовавшихся при дроблении зиготы.
На более поздних стадиях дробления бластомеры приобретают асимметричности, и в случае искусственного разделения способны формировать только определенные органы и системы эмбриона. В этом случае говорят о детерминации клеток, т.е. о выборе ими определенных программ развития. Постепенно в процессе бластуляции и гаструляции различия между бластомерами становятся все более значимыми. Белки, содержащиеся в цитоплазме бластомеров, проникают в ядро и включают определенные гены. Белки, кодируемые этими генами, играют ключевую роль в процессах органогенеза. Они секретируют-ся клетками в межклеточное пространство (бласто-цель, гастроцель др.) и, связываясь с другими клетками, запускают в них сложные реакции, также приводят к активации генов. Такие белки называют факторами роста.
При эмбриогенеза клетки не только делятся, но и погибают. Гибель необходима для того, чтобы произошло соединение или разъединение частей зародыша, образование просвета в какой-либо ткани и т.д..