Основа философской системы Сковороды заключается в существовании "двух натур" и "трех миров".
Все в мире состоит из двух противоположных натур видимой и невидимой, внешней и внутренней, обмана и истины, твари и Бога, материи и формы. Видеть кошелек и не знать, что в нем, объясняет Сковорода значит смотреть и не видеть. Значение этих двух натур - неодинаково.
Основой всех вещей, их деятельностью и движущей силой является именно невидимая натура Бог. Вопрос о боге, который составляет первооснову всего сущего - "высшую всех причин причину", является одним из основных вопросов в философской системе Сковороды. Его бог вечное начало - неуловим и невидим, потому что он, присутствует во всем, не является частью, ни целым, не имеет меры, временной и пространственной характеристики. Понятием, противоположным по своему содержанию понятию Бог, выступает видимая натура или тварь.
Видимая натура - это «ложь», она обманывает нас, скрывая истинную основу всего существующего - невидимую натуру истину. Существуя в одном чисто, невидимая и видимая натуры находятся в постоянной взаимной борьбе. Тело воюет с духом, дух - с телом. Учение о двух натуры органически связано со следующим основополагающим для философии Сковороды учением о трех мирах. Все существующее, по мнению Сковороды, делится на три специфические виды бытия ("миры") - крупный (макрокосм), малый (микрокосм) и символический (Библия). Первым и главным миром у Сковороды является вся Вселенная - макрокосм. В этом мире нет ни начала, ни конца - он вечен и безграничен. Человек, микрокосм для Сковороды - это центр, в котором сходятся и приобретают свое значение все символы макрокосма и Библии. Учение о малый мир, или человека, является стержнем всей философской системы Сковороды. Но он не связывает увеличение человеком своих познаний с ростом материальных потребностей, удовлетворение которых понимается как достижение человеческого счастья. Скорее наоборот: чем лучше человек познает самого себя и окружающий его мир, тем умнее и скромнее должны быть его потребности. Третьим - из существующих "трех миров" - является символический мир.
Он отождествляется Сковородой с Библией. Основная философская идея Г. Сковороды сконцентрирована вокруг понятия "сердце" человека. Слово «сердце» - это слово-первоисточник. Сковорода сравнивает сердце с ветром: поднимаясь бесшумно и тихо, он потом ломает деревья, разрушает здания, поднимает волны и гонит корабли, разносит и гасит огонь. Сковорода обращает наше внимание на то, что сердце это точка, центр, среда, ориентир человеческой души. Оно нигде в пространстве не существует, но одновременно оно есть везде, во всем человеческом существе. Тело является реальным символом человеческого разума, а в сердце оказывается весь человек. Сердце - это первоисточник знания, оно дает нам это знание сразу и без раздумий. Другой характерной чертой сердца движение. Сердце - это динамический центр, единство, постоянно находится в состоянии становления. Сердце как единство находится в движении, в бесконечном погоне за идеальной формой до самоуничтожения. Всякое движение осуществляется от точки, а не к точке. Сковорода предлагает нам пройти путь до этой точки. Сердце, по Сковороде, находится в центростремительном движении. Человек сердца должна приблизиться к своему центру, к своему субъекту-тайны, до единого движения своего огромного "я". По Сковороде, гармония человеческого бытия зависит от соблюдения каждым принципу родственной (сродного) труда. У каждого человека есть склонность к родственной себе дела. Это родство является проявлением в человеке вечной, "Искры Божией". Принцип родства является принципом соответствия тому высшему, разумному и справедливому началу, что определяет смысл человеческого бытия.