Дно Индийского океана имеет земную кору океанического типа мощностью до 12 км. Но в ее пределах находятся участки материковой коры, т.е. коры с гранитным слоем. Они выходят на поверхность океана в виде островов
- Сейшельских, Маскаренских, Кергелен и, возможно, Мальдивских. В рамках этих микроконтинентив мощность земной коры увеличивается до 30-35 км.
Материковые окраины почти везде выражены достаточно четко. Переходная зона выражена лишь на северо-востоке. Здесь находится котловина Андаманского моря, островная дуга, включающая Андаманские и Никобарские острова, и глубоководный Зондский желоб, который имеет максимальную для Индийского океана глубину - 7729 г.
Ложе океана системой подводных хребтов разделено на обширные котловины. Важнейшие из них - Центральная, Сомалийская, Аравийская, Кокосовая, Западно-Австралийское, Юго-Австралийская, Австрало-Антарктическая, Африканско-Антарктическая, мадагаскарская, Мозамбикская, Маскаренских. Есть еще ряд меньших по размерам котловин, а всего в океане 24 котловины. Рельеф дна котловин составляют преимущественно абиссальных-холмистые равнины. Аравийская и Центральная котловины являются плоскими абиссальными равнинами.
Наиболее характерной особенностью рельефа дна Индийского океана является наличие трехлучевой системы срединно-океанических хребтов. Северная ветвь этой системы - Аравийско-Индийский хребет, юго-западная ветвь - Западно-Индийский хребет, юго-восточная ветвь - Центрально-Индийский хребет.
Еще одной интересной особенностью океана является наличие многих асейсмичних, не связанных с срединно-океаническими, хребтов. Таковы Мальдивский хребет, Маскаренских позвоночник, Мадагаскарский хребет, Восточно-Индийский хребет, хребет Кергелен.