В последние десятилетия в регионе заметно возросла роль грузового автотранспорта как во внутренних, так и в международных перевозках (особенно вывоз продукции легкой и пищевой промышленности). Автопарк стран состоит из 7800000 пассажирских и 1 млн грузовых автомобилей.
Роль железнодорожного транспорта несколько снизилась. Общая протяженность железнодорожных путей - 26911 км, из которых почти 35% электрифицировано.
Морской транспорт издавна играет главную роль во внешней торговле, а в Хорватии и Болгарии - еще и в каботажных (между портами одной страны) перевозках. Быстро развивается морской торговый флот в Хорватии (1090000 брутто-регистровых тонн), Болгарии (862 тыс. брутто-регистровых тонн) и Румынии (204 тыс. брутто-регистровых тонн). Среди стран региона выхода к морю не имеют только Македония, Молдова, Сербия и Косово. Крупнейшими портами являются Риека, Сплит, Дубровник (Хорватия), Варна, Бур керосин (Болгария), Констанца, Брэила (Румыния), Дуррес (Албания), Боснийский Брод (Босния и Герцеговина), Копер (Словения) и другие. Построен канал Дунай - Черное море длиной 50 км, действует паромная переправа Варна (Болгария) - Ильичевск (Украина).
Воздушный транспорт развивается особенно динамично. Эффективный он для перевозок на дальние расстояния ценных малогабаритных грузов. Расширяются объемы международных грузовых и пассажирских авиаперевозок. В регионе функционують232 аэропорты.
Через территорию Юго-Восточной Европы проходит сеть нефте-и газопроводов из России, Адриатическое портов (нефтепровод "Адриатика" от Риеки до Белграда и Будапешта). Общая протяженность нефтепроводов - 4080 км, газопроводов - 14189 км.
Растущей транзитная роль региона в сообщении между Западной Европой и Юго-Западной Азии.