Территория страны представляет собой три четко выраженные географические области: узкая (шириной от 80 до 150 км) пустынная прибрежная равнина вдоль побережья Тихого океана - Коста (берег)
низменные джунгли бассейна Амазонки - сельва - на востоке; высокие и обрывистые горные цепи Анд - составляет 2500 км. Это один из найпо-сушливиших районов земного шара. Причина такого, на первый взгляд, необычного климата тихоокеанского побережья кроется в холодной Перуанской течения, проходит вдоль берегов страны. Здесь в течение нескольких лет не бывает дождей, ветер перемещает барханы, а из растительности встречаются лишь единичные деревья, редкие кустарники и кактусы, в оазисах в долинах коротких рек растут сахарный тростник и фруктовые деревья. Благодаря холодной течения воды Тихого океана у Перу богаты рыбой, к поверхности поднимаются насыщенные минеральными веществами придонные воды, содержащие большое количество организмов, служащих кормом для рыб.
Анды занимают примерно ЗО% территории Перу и включают более 170 гор, поднимающихся на высоту более 4850 м. Наивысшая горная вершина - Уаскаран (6768 м). Температура воздуха в горах зависит от их высоты и колеблется от -7 ° С до +21 ° С. В Андах из небольшого ледникового озера берет начало крупнейшая река мира - Амазонка. На западе расположена пустыня, на востоке - влажные экваториальные джунгли, где выпадает более 2000 мм осадков в год. Плоскогорье, плато и межгорные долины покрыты степями, где сформировались плодородные чорноземоподибни почвы.
Восточная часть страны - Сельва - это часть Амазонской низменности, где преобладает влажный экваториальный лес с ценными породами деревьев и экзотических цветов. Для сельвы характерны животные, ведущие древесный образ жизни, в основном это обезьяны. Встречаются муравьеды, ленивцы, тапиры, пекари; огромное количество птиц с ярким оперением (попугаи, колибри), пресмыкающихся, насекомых.
На восточных склонах Сьерры берут начало реки Мараньон и Укая-ли, которые сливаются с Амазонкой. В горах много озер, преимущественно ледникового происхождения. На границе Перу и Боливии, на отметке 3812 м над уровнем моря, расположен самый высокогорный озеро в мире - Титикака.
В Перу открыты месторождения почти 80 видов полезных ископаемых, в том числе меди, железа, свинца, серебра, золота, ртути, молибдена. Страна имеет значительные запасы природного газа, каменного угля, урановых руд.