К юго-востоку от Танганьики, в другом разломе, раскинулось озеро Ньяса. Его можно назвать двойником Танганьики. Озеро также окружают горы, которые местами подходят к самой воде. Хотя Ньяса несколько уступает площади и глубине
Танганьике, оно также богато рыбой, в нем водятся крокодилы и бегемоты. Оба озера имеют значительную амплитуду многолетних колебаний уровня воды, достигает 5 м.
Глубина озера постепенно увеличивается с юга на север, где существует множество отвесных скал. В других местах прибрежные горы отделяются от озера широкой прибрежной равниной; в местах устья крупных рек прибрежная равнина расширяется и соединяется с речной, углубляясь внутрь горных массивов. В результате рельеф береговой линии варьюеться от скалистых обрывистых берегов до пологих пляжей. Особенно широкие пребережни равнины раскинулись на северо-западе, в устье реки Сонгве, а также в южной части побережья.
Ньяса получает воду из 14 рек, впадающих в него. Единственная река, вытекающая из него, - Шире. Несмотря на значительный объем озера, его сток невелик: с 63 км3 воды, поступающей за год, только 16% вытекает через реку Шире, другая вода испаряется с поверхности. Быстрое испарение воды обусловлено повышенной минерализацией сравнению с реками в него впадают. Вследствие этого Ньяса очень медленно обновляется: по оценкам, вода в озере полностью обновляется за 114 лет.
Озеро очень уязвимое к химическому загрязнению, поскольку вещества, попавшие в воду, полностью выйдут из нее только через 650 лет.