Иван Самойлович (1672-1687). Если избрание Брюховецкого отражало конфликт между старшиной и народными массами, то свержения Многогрешного свидетельствовало о внутренние противоречия между гетманом
и старшиной. Опасаясь сильной гетманской власти как таковой, старшина трех месяцев тянула с выборами преемника Многогрешного. Время она обратилась к царю с предложением ограничить гетманские прерогативы. Москва только на это и ждала. Так, когда в 1672 г. гетманом избрали Самойловича, ему поставили условия не судить и не наказывать представителей старшины, а также не вступать во внешние отношения, не проконсультировавшись с старшинской советом. К тому же нового гетмана заставили распустить отряды компанейцев, что, по традиции, подчинялись непосредственно ему. Навязывая эти условия, старшина распространяла свое и без того ощутимое влияние, но осуществлялось это путем подрыва власти гетманов, а затем и украинской автономии.
Сын священника, Самойлович к вступлению в Войско Запорожское достиг значительных успехов, учась в Киевской академии. На протяжении почти всего своего правления он пытался поддерживать хорошие отношения со старшиной. Он щедро раздавал ей земли, а также создал корпус так называемых значковых военных товарищей - младших офицеров, преимущественно сыновей старшины, стали частью гетманского окружения и получали специальные поручения, готовясь занять должности, уволены родителями. Созданием этого корпуса Самойлович способствовал формированию офицерских династий на Левобережье.
Во внешней политике Самойлович, как и все гетманы, пытался распространить свою власть на всю Украину. Он усилил контроль над мятежными запорожцами и в 1676 г. вместе с русским войском отважно повел свои полки, чтобы изгнать из Правобережья турок и Дорошенко. Или не счастливый момент в карьере Самойловича наступил, когда Дорошенко торжественно составил перед ним гетманскую булаву, после чего он стал величать себя «гетманом обоих берегов Днепра». Однако через два года турки вытеснили Самойловича с его российскими союзниками из Правобережья. Оставляя эти земли, Самойлович организовал массовый выход правобережного населения на Левый берег. В результате первичная родина казачества практически обезлюдела.
Новым ударом по надеждам Самойловича объединить Украину стало подписание в 1686 г. так называемого «Вечного мира» между поляками и русскими. За ним и земли Войска Запорожского переходили под постоянный суверенитет царя. Все же несмотря на все обращенные в Москву протесты гетмана против передачи полякам Правобережье и Восточной Галиции (Русского воеводства), по праву принадлежали украинским, эти земли оставались под главенством Польши. Недовольный московской политикой, Самойлович неохотно присоединился к грандиозному походу на Крым, который в 1686 г. организовали русские. Хотя в нем участвовало свыше 100 тыс. русских и около 50 тыс. казаков, недостаток подготовки и тяжелые природные условия привели к провалу этой акции и большие потери. Враждебно настроенные представители старшины обвинили Самойловича в том, что он незаконным путем обогатил себя и свою семью, а русские воеводы свалили на него вину за провал похода, в результате чего в 1687 г. Самойловича сбросили и сослан в Сибирь.