К дому богатого сквайра Олверти, в котором тот жил со своей сестрой Бриджит, подбрасывают младенца. Сквайр, несколько лет назад потерял жену и детей, решил воспитать ребенка как родного сына.
Вскоре ему удалось найти мать ребенка, бедную крестьянку Дженни Джон. Олверти не удалось узнать от нее имя отца ребенка, он не передал дело в суд, а лишь посылал девушку из родных мест, предварительно обеспечив ее деньгами. Олверти продолжил поиски отца ребенка. Подозрение пало на сельского учителя - Партриджа, у которого Дженни долгое время брала уроки латыни. По настоянию Олверти дело передали в суд. Жена учителя, которая давно ревновала его к Дженни, обвинила мужа во всех смертных грехах, и ни у кого не оставалось сомнений в том, что учитель - отец ребенка. Хотя сам Партридж отрицал свою связь с Дженни, его признали виновным, и Олверти выслал его из поселка.
Сестра сквайра, Бриджет, вышла замуж за капитана Блайфил, и у них родился сын. Том Джонcа, найденыш, получив искреннюю привязанность Олверти, воспитывался вместе с юным Блайфил, однако завистливый и жадный капитан, боясь, что состояние Олверти достанется найдем, ненавидив его, пытаясь любыми способами опорочить парня в глазах приемного отца. Через некоторое время капитан неожиданно умер, и Бриджет стала вдовой.
С раннего возраста Том не отличался примерным поведением. В отличие от Блайфил - не по годам сдержанного, набожного и порядочного - Том не имел влечения к обучению и своими выходками постоянно заставлял переживать за него Олверти и Бриджет. Несмотря на это, все в доме любили найду за его доброту и сострадание. Блайфил никогда не участвовал в играх Тома, он осуждал его выходки и не упускал случая пристыдить его за недостойное поведение. Однако Том никогда не обижался на него и искренне любил Блайфил как родного брата.
С детства Том дружил с Софией, дочерью соседа Олверти - богатого сквайра вестерна. Они много времени проводили вместе и стали настоящими друзьями.
Для воспитания юношей Олверти пригласил в дом богослова Твакома и философа Сквейра, которые выдвигали перед своими учениками единственное требование: они должны бездумно зазубривать их уроки и не иметь собственного мнения. Блайфил с первых же дней завоевывает их симпатию. Однако Поэтому неинтересно повторять за ограниченными и недалекими наставниками прописные истины, и он находит для себя другие занятия.
Он проводил все свободное время в доме бедного сторожа, семья которого умирает от голода. Юноша пытался помочь несчастным, отдавая им все свои карманные деньги. Узнав о том, что Том продал свою Библию и коня, подаренного ему Олверти, а вырученные деньги отдал семье сторожа, Блайфил и учителя считали поступок юноши достойным осуждения, тогда как Олверти поражен добротой своего любимца. Была еще одна причина, которая заставила Тома так много времени проводить в семье сторожа: он влюблен в Молли, одну из его дочерей. Беззаботная и легкомысленная девушка сразу же принимала его ухаживания, и вскоре ее семья узнала о беременности Молли. Это известие мгновенно распространилась окраиной. София Вестерн, уже давно влюблена в Тома, в отчаянии. Он привык видеть в ней исключительно подругу своих детских лет, и только теперь заметил, насколько она красива и привлекательна. Незаметно для себя самого Том все больше привязывается к девушке, и со временем эта привязанность переросла в любовь. Том несчастный, поскольку понимал, что теперь обязался жениться на Молли. Дело получило неожиданный оборот. Том стал свидетелем объятий Молли и учителя Сквейра. Через некоторое время он узнает, что Молли беременна вовсе не от него, поэтому считал себя свободным от каких-либо обязательств перед ней.
Между тем сквайр Олверти тяжело заболел. Чувствуя приближение смерти, он отдает последнюю указание относительно наследства. Один лишь Том, преданно любящий своего названого отца, тосковал и скорбел, в то время как другие, в том числе и Блайфил, обеспокоены были исключительно своей долей в наследстве. К дому приехал посыльный и приносит весть о том, что Бриджет Олверти, которая на несколько дней оставляла имение, неожиданно скончалась. Вечером того же дня Сквайр стало лучше и он выздоровел. Том настолько счастлив, что даже смерть Бриджет не могла затмить его радости. Желая отпраздновать выздоровление названого отца, он напился, вызвавший острый осуждение окружающих.
Сквайр Вестерн мечтал отдать дочь замуж за Блайфил. Это дело казался ему чрезвычайно выгодной, ведь Блайфил-наследник большой части наследства Олверти. Кроме того, Блайфил удался убедить сквайра в том, что Том радовался его смерти и потому, что вскоре станет обладателем большого наследства. Поверив Блайфил, разгневанный сквайр приказал юноше оставить его дом.
Том написал Софии прощальное письмо, понимая, что, несмотря на его страстная любовь к ней, теперь, когда он обречен на блуждание и нищую жизнь, не имел права рассчитывать на ее благосклонность и просить ее руки. Он оставил имение, стремясь стать матросом. София, отчаявшись убедить отца не выдавать ее замуж за ненавистного ей Блайфил, тайно покинула свое имение.
В провинциальном отеле Том случайно встретил Партриджа, того самого учителя, которого Олверти когда-то выслал из родного села, считая его отцом найди. Парт-Ридж убедил юношу в том, что пострадал безвинно, и попросил разрешения сопровождать его в поездке.
На пути Том спас от рук насильника женщину, миссис Уотерс, которая, пользуясь случаем, соблазнил юношу в гостинице.
В настоящее время София, которая направлялась в Лондон в надежде найти убежище в старой приятельницы их семьи, также остановилась в ептонському отели и с радостью узнала, что Том находится среди его постояльцев. Однако, услышав о поведении любимого, разгневанная девушка в знак того, что ей все известно, оставляла в его комнате свою муфту и со слезами на глазах уехала из Эптона. По стечению обстоятельств в том же отеле остановилась и кузина Софии, миссис Фитцпатрик, бежавшей от своего мужа, негодяя и развратника. Она предложила Софии вместе скрыться от преследователей. Сразу же после отъезда девушек в гостиницу приехали разгневанный отец Софьи и мистер Фитцпатрик.
Утром Том догадался, почему Софья не захотела его видеть, и в отчаянии оставил отель, надеясь догнать свою возлюбленную и получить прощение. В Лондоне София нашла леди Белластоы, которая узнав о ее истории, обещала помочь.
Том с Партридж вскоре также прибыла в Лондон. После длительных поисков Поэтому наконец удалось напасть на след возлюбленной, однако ее кузина и леди Белластон препятствуют их встречи.
В доме, где Том с Партридж снимали комнату, проживал мистер Найтингейл, с которым Том быстро подружился. Найтингейл и Нанси - дочь их хозяйки, миссис Миллер, полюбили друг друга. Том узнал от приятеля, Нанси беременна. Однако Найтингейл не мог жениться на ней, поскольку боялся отца, который нашел для него богатую невесту и, желая прибрать к своим рукам приданое, настаивал на немедленном свадьбе Найтингейл покорился судьбе и тайно покинул дом миссис Миллер. В письме, адресованном Нанси, он объяснил причины своего ухода. Том узнал от миссис Миллер, что ее Нанси, которая преданно любила Найтингейл, получив его прощальное письмо, пыталась покончить с собой. Он отправился к отцу своего ветреного приятеля и сообщил ему, что Найтингейл уже помолвлен с Нанси. Найтингейл-старший покорился перед неотвратимостью, а миссис Миллер и ее дочь поспешно готовились к свадьбе. Отныне Нанси и ее мать считали Тома своим спасителем.
Вместе Софии ухаживал богатый лорд Фелламор. Он сделал ей предложение, но получил отказ.
Том посетил миссис Фитцпатрик, чтобы поговорить с ней о Софии. Исходя из ее дома, он встретился с ее мужем. Разгневанный (он наконец напал на след беглянки и узнал, где она живет), Фитцпатрик принял юношу за ее любовника и оскорбил его. Том вынужден извлечь шпагу, принять вызов. Когда Фитцпатрик спал, ранен шпагой Тома, их врасплох окружила толпа ребят. Они склоны Тома, отдали констебль, который отвел его в тюрьму. Оказалось, что Фелламор подослал нескольких матросов и приказал им завербовать Тома на корабль, давая им понять, что стремится избавиться от него, они же решили просто отдать Тома полиции.
В Лондон приехал отец Софьи, мистер Вестерн. Он нашел дочь и сообщил ей, что к тому времени, пока не приедут Олверти и Блайфил, девушка будет сидеть под домашним арестом и ждать свадьбы. Леди Белластон, решив отомстить Поэтому, показывает Софии его письмо с предложением руки и сердца. Вскоре девушка узнала об обвинении Тома в убийстве. Приехал Олверти с племянником и остановился у миссис Миллер. Олверти - ее давний благодетель, он помогал бедной женщине, когда у нее умер муж и она осталась без средств к существованию с двумя малолетними детьми на руках. Узнав о том, что Том - приемный сын сквайра, миссис Миллер рассказала ему о благородстве юноши. Однако Олверти еще верил клеветы, и все рассказанное его не радовало.
Найтингейл, миссис Миллер и Партридж часто посещали Тома в тюрьме. Вскоре к нему приехала и сама миссис Уотерс, случайная связь с которой привел к ссоре с Софией. После того как Том оставил Эптон, миссис Уотерс познакомилась там с Фитцпатрик, стала его любовницей и уехала вместе с ним. Юноша с облегчением узнает, что Фитцпатрик жив и невредим. Партридж, который также пришел его навестить, сообщил ему, что женщина, которая называла себя миссис Уотерс, на самом деле Дженни Джон, родная мать Тома, Том смущен: он имел связь с родной матерью. Партридж, который никогда не умел держать язык за зубами, рассказал об этом Олверти, и тот решил, не теряя времени, вызвать миссис Уотерс к себе. Дженни решила открыть тайну того, что ей известно. Оказалось, что ни она, ни Партридж не имели никакого отношения к рождению ребенка. Отец Тома - сын второго Олверти, который когда-то прожил год в доме сквайра и умер от оспы, а мать не кто иная, как родная сестра сквайра - Бриджет. Боясь осуждения брата, Бриджет скрыла от него, что родила ребенка, и за крупное вознаграждение уговорила Дженни подкинуть мальчика в их дома. Старый слуга Олверти, услышав, что сквайр узнал правду, признался хозяину, что Бриджет перед смертью открыла ему свою тайну и написала брату письмо, которое он вручил мистеру Блайфил, поскольку на тот момент Олверти был без сознания. Только теперь Олверти догадался о коварстве Блайфил, который, стремясь прибрать к рукам наследство сквайра, скрывал от него, что они с Томом - родные братья.
Олверти, узнав всю правду о своем племяннике, искренне сожалел о том, что не прощал ему так долго. Поскольку Фитцпатрик не выдвинул Поэтому никаких обвинений, его освободили из тюрьмы. Олверти извинился Тома, но благородный юноша ни в чем его не обвинял.
Найтингейл рассказывал Софии о том, что Том и не собирался жениться на леди Белластон, поскольку это он, Найтингейл, подговорил Тома написать ей то письмо, которое она видела. Том пришел к Софии и снова просил ее руки. Сквайр Вестерн, узнав о намерении Олверти сделать Тома своим наследником, с радостью дал согласие на их брак. Влюбленные после свадьбы поехали в поселок и счастливо стали жить подальше от городской суете.