Структуру рибосомы по результатам рентгеноструктурного анализа ее кристаллов показано в различных проекциях
на рис. 8.8 8.10, где также схематично изображен внешнюю анатомию субъединиц и их расположение в составе рибосомы относительно друг друга и других элементов системы трансляции. От основного довольно монолитного тела большой субъединицы отходят три характерные отростки: вырост L1, палец (стебель) L7/12, сформированные соответствующим рибосомного белка, и центральный протуберанец, образованный комплексом определенных белков с рРНК 5S. Два отдельные структурные домены? головка и платформа? отходят от тела маленькой субъединицы.
В составе рибосомы можно выделить три основные зоны контактов между субъединицами: головка? центральный протуберанец; платформа вырост L1; центральные части основного тела обоих субъединиц. Все структурные элементы подвижны: возможно перемещение головки и пальца L7/12, вращения малой субъединицы вокруг нормали к поверхности большой субъединицы на ~ 6 ° против часовой стрелки и т.п.. Движения струкчення для ее функционирования, поскольку именно на интерфейсе между субъединицами находятся все активные центры и сайты взаимодействия с элементами системы трансляции:
• В основе центрального протуберанца расположен пептидилтрансферазной центр (рис. 8.8, 8.9), который видповидаза катализ реакции синтеза пептидной связи. От пептидилтрансферазного центра через тело большой субъединицы отходит тоннель канал выхода полипептидной цепи синтезируется (рис. 8.9).
• В основе пальца L7/12 содержится сайт связывания G-белков (рис. 8.8)? факторов трансляции, подробное описание которых приведено ниже.
• В щели между платформой и головкой маленькой субъединицы происходит взаимодействие с мРНК (рис. 8.8, 8.9).
• Сайты связывания тРНК расположенные между двумя субъединицами: антикодоном части тРНК взаимодействуют с мРНК и маленькой субъединицей, акцепторные части с большой субъединицей (рис. 8.9, 8.10). Рибосома содержит три следующие сайты: А-сайт, где происходит связывание аа-тРНК; Р-сайт, где рибосомой взаимодействует пептидил-тРНК (тРНК, к которой присоединен пептидил? Цепь, которая синтезируется) Е-сайт (от exit), где содержится деаминоацильована тРНК перед ее увольнением из рибосомы.
Акцепторные части тРНК, расположенные в А-и Р-сайтах, приближенные друг к другу (рис. 8.10, 8.11) и взаимодействуют с большим субъединицей в зоне пептидилтрансферазного центра. Количество контактов с тРНК в Р-сайте есть больше, чем количество контактов, которые удерживают молекулу тРНК в А-сайте.